一、数据准备 首先,选取不同物种的Protein数据集:Arabidopsis_thaliana.fa;Citrus_grandis.fa;Dimocarpus_longan...
最大似然估计(maximum likelihood estimates,MLE):一种确定模型参数值的方法。确定参数值的过程,是找到能最大化模型产生真实观察数据可能性的那一组...
参数估计是机器学习里面的一个重要主题,而极大似然估计是最传统、使用最广泛的估计方法之一。在讲最大似然估计和贝叶斯估计之前,先来谈谈概率和统计的区别吧。 概率和统计是一个东西吗...
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序言 大晚上的不知道干些啥好,想起了之前积累的一个小小的问题。这里搜一下资料,快速的整理出一小篇文章好了~ 内容大概就是 N种phylogenetic tree上不同的数字 ...
本文具体介绍生物信息学分析中最常用的群体结构展示图形——系统发育树,分为两部分进行说明:系统发育树的基本概念和系统发育树的构建。 全文重点: 第一部分 系统发育树是描述物种间...
总是搞混,这里总结一下常规的叫法: 先验概率:事件发生前的预判概率。可以是基于历史数据的统计,可以由背景常识得出,也可以是人的主观观点给出。一般都是单独事件概率,如P(x),...
主要参考了这篇文章的论述,栗子觉得很透彻(https://www.cnblogs.com/yemanxiaozu/p/7680761.html) 先验概率:是指根据以往经验和...
条件概率 先要从条件概率讲起,条件概率,一般记作P(A|B),意思是当B事件发生时,A事件发生的概率。其定义为 其中 意思是A和B共同发生的概率,称为联合概率。也可以写作 P...
概念 PCA(principal components analysis)即主成分分析。主成分分析也称主分量分析,旨在利用降维的思想,把多指标转化为少数几个综合指标。 在统计...
基本概念 Fst:群体间遗传分化指数,是种群分化和遗传距离的一种衡量方法,分化指数越大,差异越大。适用于亚群体间多样性的比较。用于衡量种群分化程度,取值从0到1,为0则认为两...
1. 群体遗传分化的度量 (1)F-统计量 现实植物自然群体并非是理想群体,如果仅考虑单基因座上一对等位基因,对于由若干个地方群体组成的生物大群体,各层次现实群体中基因型频率...