发简信
IP属地：浙江
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中科院研究生在读，努力学习中
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RNA-seq入门实战（六）：GO、KEGG富集分析与enrichplot超全可视化攻略本节概览：1.获取DEG结果的上下调差异基因2.bitr()函数转化基因名为entrez ID3.利用clusterProfiler进行KEGG与GO富集4.用enrichp...
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学习基因通路富集分析软件GSEAGSEA是一种无阈值方法，可根据其差异表达等级或其他分数对所有基因进行分析，无需事先进行基因过滤。当基因组中的所有或大多数基因（例如，RNA-seq数据）可获得rank时推荐...
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转录组全记录：从rawdata到DEG功能富集
写在前面：本文是新手学习全记录，仅供参考，欢迎交流！ 1. rawdata 1.1 QC 1.2 数据量统计 调用工具：iTools使用： 2. cleandata 2.1 ...
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Counts FPKM RPKM TPM CPM 的转化
一、什么是RPKM、 FPKM、TPM、CPM RPKM, FPKM and TPM, clearly explained - StatQuest!!
转录组分析——如何寻找差异基因中的中枢基因（hubgene）一、前言 好久没更新过文章啦，今天我们来聊一聊怎么找hubgene。 二、常见的寻找hubgene方法 我们如果要研究一个疾病，通常会做一个疾病的正常和非常基因差异表达分析，...
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“序列分析基础”是什么
小伙伴的某个考试有少部分生物信息学内容，她没涉及过这些内容。但有个大概复习大纲，其中有一些题目。因为时间紧迫，我就直接给她讲了讲。但是有一个题，题目是《序列分析基础》。一看这...
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GO和KEGG富集分析及去冗余工具及原理1 GO和KEGG富集分析工具：Clusterprofiler包和REVIGO 进行基因功能或生物学通路富集的工具或网站有很多。像DAVID、IPA、GATHE等。我基本采用...
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GSEA学习笔记春节后的第一次写学习笔记，还是要提醒大家没事别聚集、别聚集、别聚集！重要的事情说三遍！ 前几天看到公众号里写了GSEA的文章，虽然我之前跟着很多网上的教程走过一遍GSEA分析...
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转录组入门(8): 富集分析
我们统一选择p<0.05而且abs(logFC)大于1的基因为显著差异表达基因集，对这个基因集用R包做KEGG/GO超几何分布检验分析。然后把表达矩阵和分组信息分别作出cls...
