1、数据在不同环境中的兼容情况 目前V5版本的环境可以兼容V3版本的数据，但是V3环境中导入V5环境会报错（缺依赖包）。目前有两种方式新建R对象数据CreateSeuratO...
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seurat V5升级：一些常见报错 -
关于运行monocle的报错
跑monocle的时候，使用pData和fData函数时发现如下报错 Error in h(simpleError(msg, call)) : error in evalu...
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10X单细胞轨迹分析（拟时分析）之cytotracehello，大家好，这次我们来分享一下做轨迹分析的软件----CytoTRACE,文章在Single-cell transcriptional diversity is a ...
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单细胞之轨迹分析-5：slingshot轨迹分析系列： 单细胞之轨迹分析-1：RNA velocity[https://www.jianshu.com/p/ee0f7a8e6a06] 单细胞之轨迹分析-2：mono...
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使用fastp进行数据质控
fastp是一款较新的数据质控软件，接触这个软件也是由于目前市场的软件各有功能但是功能都不是很全，譬如最近接触到一个RNAseq数据，质量较差，需要去除接头而且含N较多，序列...
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【单细胞轨迹分析】monocle2其实在前面也提到过Pseudotime分析，拟时间序列分析（Pseudotime分析）是通过构建细胞间的变化轨迹来重塑细胞随着时间的变化过程。从具体的分类分析和复杂程度来说，...
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scanpy官方教程2022||01-Preprocessing and clustering 3k PBMCs学习资料来源： scanpy主页：https://scanpy.readthedocs.io/en/stable/[https://scanpy.readthedocs.io...
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Keras基于深度学习预测G4序列前言 今天介绍的这篇文章是关于用深度学习的方法预测G4序列的软件DeepG4，作者将该问题转换成分类问题，文章链接：《DeepG4: A deep learning appr...
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Sincast：利用bulk RNAseq定义细胞功能亚群前言 说到对单细胞亚群进行定义，那对很多分析单细胞数据的小伙伴来说都是最头疼的事情之一了。因为定义细胞的正确与否直接关系到后续分析所有结果的准确性，所以针对单细胞注释的解决方...
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【原创】R语言实战：read counts如何转化为TPM和FPKM, TPM和FPKM相互转化
载入数据 mycounts<-read.csv("2020武汉加油.csv")head(mycounts)rownames(mycounts)<-mycounts[,1]my...
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DPT：diffusion pseudotime||扩散伪时间重建单细胞谱系分支Haghverdi L, B ttner M, Wolf FA, Buettner F, Theis FJ. Diffusion pseudotime robustly re...
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多顺反子：IRES和2A Peptides
单顺反子（monocistron）:真核基因转录产物为单顺反子，即一个基因编码一条多肽链或RNA链，每个基因转录有各自的调节元件。 多顺反子（polycistronicmRN...
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scRNA-seq拟时分析 || Monocle2 踩坑教程拟时（pseudotime）分析，又称细胞轨迹（cell trajectory）分析，通过拟时分析可以推断出发育过程细胞的分化轨迹或细胞亚型的演化过程，在发育相关研究中使用频...
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单细胞之轨迹分析-2：monocle2 原理解读+实操轨迹分析系列： 单细胞之轨迹分析-1：RNA velocity[https://www.jianshu.com/p/ee0f7a8e6a06] 拟时间序列分析（Pseudot...
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RNA velocity分析练习（三）生成loom文件
系列回顾：1.RNA velocity分析练习（一）文件下载以及预处理2.RNA velocity分析练习（二）软件安装 Velocyto软件针对不同测序平台，有不同的方法进...
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R-ggplot2-箱图系列（2） 注释P值与组间比较R-ggplot2-箱图系列（1） basic - 简书 (jianshu.com)[https://www.jianshu.com/p/bafbd08b28ef]R-ggp...
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RNA速率：使用Seurat的结果做RNA velocity参考链接:https://github.com/velocyto-team/velocyto.R[https://github.com/velocyto-team/veloc...
