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通过 frp 进行内网穿透并实现Rstudio server远程访问需求 因为实验室小服务器没有公网ip，所以只有在学校局域网中才能访问和使用服务器。寒假又刚好遇上新型流感病毒，不能去学校，但是工作不能落下。幸好回家前做了内网映射，在家也可以...
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02.认识Seurat对象关于Seurat对象的构建请参考：01.单细胞入门-Seurat对象创建[https://www.jianshu.com/p/fc2f29db975a] Seurat对象结构...
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SuperCell：基于metacell理念提高单细胞数据的可信度前言 想必分析过单细胞数据的小伙伴都会有这样的感触：很多本应该检测到的基因却在很多细胞中表达为0，特别是在通量大的10x平台上，这个缺陷更明显，这也直接导致我们对单细胞数据的...
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单细胞转录组数据分析|| scanpy教程：可视化套件单细胞转录组数据分析|| scanpy教程：预处理与聚类 单细胞转录组数据分析|| scanpy教程：PAGA轨迹推断 单细胞转录组数据分析|| scanpy教程：使用ing...
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fish下使用alias（abbr）
由于fish下没有办法使用source ~/.bashrc来加载配置，所以在其中设置的alias也没有办法使用。但是fish有自己的abbr以达到同样的效果进入fish全局配...
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Ubuntu18.04 美化Ubuntu 能搞得像 Mac 和 Windows 一样好看的桌面环境吗，而且要简单快速，不折腾。笔者在今年将系统更新成 Ubuntu18.04 后，每每有闲工夫，就想着折腾...
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Linux 系统服务的配置
上篇文章 我们留了个坑， 最后提到了 init.d， systemd 这两个概念，在理解这两个概念前，我们先来了解另一个概念，那就是 Linux 上的 service。 如果...
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apt install 到底做了什么
痛点说明 当我们在使用 debian/ubuntu 的时候，如果需要安装一些应用，通常会执行 sudo apt install ...，如果源中有的话，这是最傻瓜式，也最方便...
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/etc/profile配置重启不生效，必须source
今天搭建hive + spark测试环境过程中，无意发现改变了/etc/profile里JAVA_HOME的值后，虚拟机重启竟然未生效，重试几次都一样，source后才正常。...
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单细胞差异基因可视化|Seurat和scanpy提取细胞簇主要差异基因(DEG)并绘制气泡图1.背景 单细胞数据分析在进行完细胞自聚类或者细胞类型注释后，一般需要对查到的差异基因可视化，用来显示基因和细胞群的相关性，进行后续分析。当然Seurat和scanpy本身可...
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scanpy下对应R语言subset提取细胞自己的实现
需求一：从adata.obs 的'batch' 列里提取包含['batch_1','batch_2','batch_3','batch_4']的细胞样本 需求二：提取出包含细...
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scanpy不同cluster及细胞类型合并在用scanpy进行单细胞分析时往往要对聚类(leiden)后的簇进行细胞类型的标注并生成细胞图谱，但是在通常使用的更改注释的方法中 new_cluster_names的字符...
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2022-02-25 R包安装问题2：failed to lock directory
install.packages("glue")Installing package into ‘/home/xxxx/R/x86_64-pc-linux-gnu-libra...
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单细胞个性化分析之轨迹分析篇作者，追风少年i 随着单细胞测序技术的飞速发展和相应分析工具的大量出现，单细胞测序的应用逐渐走向成熟，能解决的生物学问题也越来越广泛。而其中，轨迹分析（拟时分析）是单细胞分析...
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通过空间行为（optimal transport）推断空间细胞间通讯信号方向(COMMOT)作者，Evil Genius 周四了，变懒了，重申一遍，不要抄袭。 分享文章Screening cell-cell communication in spatial tra...
