最近一篇NG中使用到的软件，用来去除冗余的contigs，现简单记录。 CD-HIT早先是一个蛋白聚类的软件，其主要的特定就是快！（ps：不是所有快的都是好的） 其去除冗余序...
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cd-hit 去除冗余序列 -
CD-hit安装及使用
cd-hit是用于蛋白质序列或核酸序列聚类的工具，根据序列的相似度对序列进行聚类以去除冗余的序列，一般用于构建非冗余的数据集用于后续的实验分析。 cd-hit聚类算法 通常来...
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用VCF文件去存储基因变异，什么是SNP？利用snippy去看基因的SNP号外！！！ 在这周我会推出实战用snippy构建系统进化树的视频，我会拿出11个沙门菌进行聚类分析！！！！！！！！！ vcf （Variant Call Format）是一种...
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序列比对软件 MUMmer 简单上手（一）
MUMmer 4 是一个快速比对 DNA 或蛋白序列的软件，最常用的 program 就是 nucmer 和 promer，分别是比对核苷酸和氨基酸序列的，接下来以 nucm...
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装软件装到自闭之DeepVariantDeepVariant安装 官方首推用docker装，没有root权限装个锤子；然后是从源码装，源码是基于Ubuntu的，我用的是CentOS；实在不行就用二进制文件装，我菜...
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基因突变检测之Mutect2写在前面的话 今天是2021年1月3号，年底一番瞎忙活，停更了好长一段时间的简书。人生中有个很重要伯乐导师告诉我，在这个事多的工作环境下，没人愿意看你太多的废话。直奔重点才是...
