个人博客: xuzhougeng.top (随缘访问)
IP属地：山西
-
-
构建核心基因组snp系统发育树文章有了吗
细菌全基因组测序数据构建SNP系统发育树
本次分析使用到的数据及数据处理流程参考文献“https://doi.org/10.1186/s13756-018-0352-y[https://doi.org/10.1186...
-
十个样本怎么做
单细胞分析实录(6): 去除批次效应/整合数据
上一篇已经讲解了Seurat标准流程，推文的最后，注意到了不同样本之间的表达数据是存在批次效应的，就像下图这样，有些是可以聚到一起的亚群，却出现了不同样本分开/偏移的情况，比...
-
仔细检查就能发现问题
GEO数据库挖掘—生信技能树B站视频
以下是B站生信技能树GEO数据库挖掘的课程笔记 主要内容及学习目的： 介绍GEO数据库：了解数据存放位置； 介绍GSE项目的3种下载方式； 介绍ID转换：使用R语言技巧实现基...
-
老师，如果提取属水平的结果，或者门。应该如何写代码呢
MetaPhlAn2宏基因组物种注释
导读 上一篇介绍了MetaPhlAn：宏基因组微生物分类分析教程[https://www.jianshu.com/p/015cbdb80ce1]，这次来学习MetaPhlAn...
-
如何进行分组展示呢？比如WT和diease
MetaPhlAn2宏基因组物种注释
导读 上一篇介绍了MetaPhlAn：宏基因组微生物分类分析教程[https://www.jianshu.com/p/015cbdb80ce1]，这次来学习MetaPhlAn...
-
format_input.py这步出现：Traceback (most recent call last):
File "/home/xushuai/software/lefse-master/format_input.py", line 453, in <module>
class_sl,subclass_sl,class_hierarchy = get_class_slices(list(zip(cls['class'], cls['subclass'], cls['subject'])))
KeyError: 'subject'
怎么办啊MetaPhlAn1宏基因组物种注释
导读 1 MetaPhlAn获得宏基因组物种和物种丰度2 MetaPhlAn结果合并和可视化3 GraPhlAn绘制进化树4 LEfSe寻找分类biomarker并可视化5 ...
-
您好，请问kraken2的输出结果，如果后续用metaphlan进行多样本合并，该怎么操作呢
病原微生物笔记-Taxonomy 分类流程解决⽅方案
Taxonomy 分类流程解决⽅方案 1.使⽤用Kraken2对其中的微⽣生物进⾏行行物种注释.Kraken2是⼀一个基于k-mer算法的⾼高精度宏基因组序列列分 类软件，能...
-
老师，请教下，kraken运行的结果使用-use-mpa-style转换成map格式后，是否可用metaphlan进行多样本合并呢
HUMAnN2 宏基因组分析 | 小白版
导读 使用 HUMAnN2（The HMP Unified Metabolic Analysis Network 2）进行宏基因组学分析。 HUMAnN2 在宏基因组研究中非...
-
加上-use-mpa-style输出的格式，可以用metaphlan合并吗
Kraken2+Bracken
1. 简介 Kraken2是一个基于k-mer算法的高精度宏基因组序列分类软件，能够快速的将测序reads进行物种分类。 Kraken2官网[http://ccb.jhu.e...
-
请问接下来如何可视化呢
【软件安装】---Nanopore官方开源软件Centrifuge安装和使用
前言：Nanopore的超读长测序能在短时间内产生海量数据，借助官方分析软件Epi2Me，可以直接进行数据分析。但是Epi2Me是云端计算的，所以运行对网速的依赖比较大。为了...
-
@godgmy 有
RNA-seq(9):功能富集分析
这部分开始进行基本的富集分析，两类 A：差异基因富集分析（不需要表达值，只需要gene name） B: 基因集(gene set)富集分析（不管有无差异，需要全部genes...
-
> barplot(ego_bp,showCategory = 18,title="The GO_BP enrichment analysis of all DEGs ")+
+ scale_size(range=c(2, 12))+scale_x_discrete(labels=function(ego_bp) + str_wrap(ego_bp,width = 25))
Error in ans[ypos] <- rep(yes, length.out = len)[ypos] : 更换参数长度为零
此外: Warning message:
In rep(yes, length.out = len) : 'x' is NULL so the result will be NULL
请问老师这是什么情况呢？RNA-seq(9):功能富集分析
这部分开始进行基本的富集分析，两类 A：差异基因富集分析（不需要表达值，只需要gene name） B: 基因集(gene set)富集分析（不管有无差异，需要全部genes...
-
Error in .testForValidKeys(x, keys, keytype, fks) :
None of the keys entered are valid keys for 'ENSEMBL'. Please use the keys method to see a listing of valid arguments.请问老师这是怎么回事RNA-seq(9):功能富集分析
这部分开始进行基本的富集分析，两类 A：差异基因富集分析（不需要表达值，只需要gene name） B: 基因集(gene set)富集分析（不管有无差异，需要全部genes...
-
请问老师有没有提供原始数据和代码，可以复现的文章？
宏基因组分析流程
分析内容如下图所示： 具体分析步骤如下： 数据质控，使用 kneaddata 软件， 该软件先调用 Trimmomatic 过滤数据，然后利用 bowtie2 或 bmtag...
-
老师，有提供原始数据和代码的文章吗
HUMAnN2 宏基因组分析 | 小白版
导读 使用 HUMAnN2（The HMP Unified Metabolic Analysis Network 2）进行宏基因组学分析。 HUMAnN2 在宏基因组研究中非...
-
@小白菜学生信 老师，如果想学习他的分析技术，他不提供代码，就很难实现了。我以为好一点的文章都会提供代码
EBioMedicine | 2型糖尿病患者首次治疗前后肠道宏基因组学和宏蛋白质组学明显
文献信息：标题：Distinct gut metagenomics and metaproteomics signatures in prediabetics and tre...
-
您好 请问文章提供代码了吗？
EBioMedicine | 2型糖尿病患者首次治疗前后肠道宏基因组学和宏蛋白质组学明显
文献信息：标题：Distinct gut metagenomics and metaproteomics signatures in prediabetics and tre...
-
这好像不是宏基因组分析
2018-04-16 宏基因组实战（二）—qiime2-2018.2数据导入(下机已经分装好的数据)
在学习宏基因组的过程中，这个大神的中文翻译可以让你快速上手https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/78407438 ...