从果子老师的从TCGA数据中提取lncRNA并进行下游分析一文中，我学到了如何从TCGA表达谱数据中提取RNA。老师的教程已经写的很详细了，我再补充一点：如何下载GTF注视文...
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从TCGA数据中提取lncRNA(这是一个找bug教程) -
TCGA数据差异分析后生存分析（批量单因素cox回归/Lasso筛选，多因素cox建模，时间依赖ROC曲线及KM plot可视化）测序上游分析系列： mRNA-seq转录组二代测序从raw reads到表达矩阵：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从raw r...
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R语言：有关差异分析的检验方法导读： 计算两组数据均值，检查分布正态性和方差齐性选择检验的方法。 1 读取，计算均值，箱图观察 2 查看数据分布2.1 hist直方图 2.2 qqnorm散点图 3 Sh...
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转录组不求人系列(六):limma包分析转录组芯片数据
转录组数据差异基因的分析是转录组的核心，针对不同的数据类型有不同的分析方法，之前我们也提到过。这次要做的是芯片数据的分析，采用limma包，方法是通用的（适用于mRNA以及小...
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TCGA数据挖掘二：基因差异分析加载之前下载并保存的文件 注意：这里介绍的差异分析方法有三种，其中limma是最经典的，但是limma是必须接受log之后的值，才能正确算出差异，一般芯片数据用limma包，...
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【生信技能树】2020-01-08作业：GEO挖掘标准流程分析GSE27447题目出自【生信技能树】公众号文章：2011年的表达芯片分析和2019年的区别要求：走GEO标准分析流程分析GSE27447 代码主要复制于Jimmy大佬的github：htt...
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R语言基础教程 | 循环结构
在编程的时候，当我们需要执行一段代码多次时就不可能重复输入该代码多次，这就有了循环编程结构。一般来说，语句按顺序执行。首先执行函数中的第一个语句，然后执行第二个语句，依此类推...
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R开发：常用R语言包介绍r与python差异比较大的一个地方就是，python的机器学习算法集中程度比较高，比如sklearn，就集成了很多的算法，而R语言更多时候需要一个包一个包去了解，比较费时费...
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R成精系列-R语言的常用的包
在学习R的时候，R的包众多，很多时候对于初学者会造成很大的困扰就是不知道用什么样的包比较合适。我会在不断使用R的过程中，进行使用同时结合使用体验为大家推荐合适的R包。避...
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4.R中的数据类型和数据结构（向量）一、数据类型 数据类型(数据模式)：表示该数据所属的类别，包括数值型( numeric，如1,2,3)、字符型( character，如今天,星期二)、逻辑性( logica...
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生信必备技巧之R语言基础教程-for循环
R语言是数学研究工作者设计的一种数学编程语言，主要用于统计分析、绘图、数据挖掘。R语言是解释运行的语言（与C语言的编译运行不同），它的执行速度比C语言慢得多，不利于优化。...
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6.R中的数据结构（数据框）一、数据结构回顾 R中用于存储数据的形式即数据结构，包括向量(vector，文档4中已介绍)；矩阵(matrix)、数组；数据框(dataframe)和列表(list) (记...
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8.R中的数据类型和数据结构总结
创建函数 向量c():另外两个函数未展示 矩阵matrix(vector,nrow= ,ncol= ,byrow=TRUE/FALSE,dimnames=list( , ) ...
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9.R中数据的导入和导出
一、工作空间 工作空间是R用来读取文件和保存整个结果的默认目录。R对工作空间自动保存了两个隐藏文件：.RData和.Rhistory。其中.RData以二进制的方式保存了会话...
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如何将多个生存分析曲线图片进行合并拼图survminer包的ggsurvplot()函数可以画好看的生存分析曲线，也可以用分面的方法分面绘制多组图片（教程可以见我以前给生信助手上的一个小建议「凌云34」Multi...
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01_2_差异表达分析实操
R语言_Affymetrix芯片数据处理 采用数据集GSE66360 ##设置工作路径(事先放好原始数据，分组信息，注释文件) setwd("/Users/apple/Des...
