2021.9.22中秋节后新的练习开始啦~练习用的是“nycflights13”的数据。 目标：学习数据选取的三种思维模式 【一】通过位置获取 【二】通过行名和列名获取 20...
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R语言练习2.0之四种方法获取行和列
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科研新热点——血管生成相关基因前面小编给大家分享了几个科研中经常用到的基因集，以及如何使用这些基因集进行相关分析。 ☞ m6A甲基化相关基因集[https://link.zhihu.com/?target...
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生信新热点推荐：基底膜相关基因
现在的生信都是流行抢发热点，现在为大家推荐一个新热点：基底膜相关基因。首先，我们来看看什么是基底膜？ 基底膜是最古老的动物细胞外基质 ，并形成片状结构，上皮和围绕大多数组织 ...
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wilcox.test 进行 RNAseq 差异表达基因分析
如果拿到的表达谱不是原始的read counts数据而是TPM值，就不能用包（比如DESeq2）来进行差异表达基因分析。我们可以手动用wilcox.test 函数手动进行分析...
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关注源自免疫细胞的 snoRNA，以识别免疫领域的新生物标志物（IF10+）Identification of tumour immune infiltration-associated snoRNAs (TIIsno) for predicting...
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R可视化——环形热图引言 像上面这种环形热图在生物信息学分析过程中被经常用到，但是通过一些软件去绘制又比较复杂，所以，今天小编给大家介绍一下如何使用R语言中的circlize包来绘制属于...
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从单个miRNA入手，构建预后模型指导癌症治疗（IF6+）Comprehensive Analysis of the Prognostic Significance of Hsa-miR-100-5p and Its Related...
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CytoTRACE 原理及代码解释CytoTRACE是一款基于单细胞计数矩阵推测细胞间活性和细胞间相对分化状态的一款软件，这里我们结合实际代码例子，解释CytoTRACE的数学原理： step 1:这一步先将...
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10X单细胞（10X空间转录组）22种基因差异分析方法汇总hello，大家好，抓住这一周最后的小尾巴，给大家汇总一下我们单细胞数据寻找差异基因的22种方法，之前我分享的一篇文章10X单细胞（10X空间转录组）基因集打分方法汇总[ht...
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GDSC数据库使用（分析基因突变与药物敏感性影响）
3. 分析基因突变与药物敏感性影响（GDSC） 通过基因检索Step 1 - 点击"features"，选择泛癌或者其他特定癌种，并输入基因名称"TP53"Step 2 - ...
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【百篇>>生信】01.ROS评分+乳腺癌|2022看文献偶然发现一位大神，简直是行走的SCI机器。下面就来逐渐学习下这位大神的文章。 首先来学习这篇近期发在预印本上的生信文章： 题目： 1.整体思路 2.结果解读 2.1 高...
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一篇数据挖掘文章的图表复现-10.文章 文章标题：Characterization of an endoplasmic reticulum stress‐related signature to eval...
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BioGrid:满足所有各种互作关系数据需求的数据库The BioGRID interaction database: 2019 update BioGRID(Biological General Repository for...
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铜死亡换道超车，快速抢发铜死亡相关的免疫检查点基因
2022年3月18日，出现了一个刷爆全网的热点——铜死亡（cuproptosis），经过无数个科研公众号的宣传，基本上做生信的人都知道了铜死亡这个热点，人人都想抢发铜死亡这个...
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X-tile 使用:找到最佳Cut-off
生存曲线的高低风险组的分割有时候是很麻烦的事情，有时候要试很多次才能找到一个核实的分割点，但是实际上这有没有意义有时候感觉是一种玄学，但是实际上早就有一种方法可以判断了，这便...
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癌症分子亚型的聚类通过查看基于表达丰度进行癌症分子亚型聚类的文献中相关的部分，并进行学习，将相关方法应用于George的数据。 2020-European Urology-Identifica...