240 发简信
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  • 请问一下R包安装在哪里了呢?

    利用miniconda3搭建conda环境,安装R 4.0.3

    导读 miniconda3的下载、安装、使用。 conda笔记 一、下载miniconda3 下载、安装地址:https://docs.conda.io/en/latest/...

  • 您好,请问SNP和indel的过滤标准选择的都是一样的吗?

    BSR-(RNA-seq)数据进行BSR分析

    使用工具GATK4。GATK基础RNA-seq分析完整版BSR参考GATK官方RNA-seq calling流程最新版的BSR分析流程流程参考WT 3个单株,混池。三个技术重...

  • 好的,知道啦,谢谢楼主。

    RNA-Seq数据分析:cutadapt+hisat2+samtools+stringtie+deseq2

    参考教程: Griffith Lab tutorial[https://rnabio.org/course/] raw data/PF data/Q30 data/clean...

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    「学转录组入门生信」四周实战总结

    在四周之前,我写了一篇推送一个月能通过转录组入门生信吗?,于是开启了我的‘四周通过实战入门转录组’计划。现在四周结束了,我对这个计划进行一个阶段性的总结。 答疑解惑 首先要感...

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    以水稻为例教你如何使用BSA方法进行遗传定位(上篇)

    BSA虽然不是我最早接触的高通量数据分析项目(最早的是RNA-seq),但是却是我最早独立开展的数据分析项目, 我曾经专门写过一篇文章介绍如何使用SHOREMap做拟南芥的E...

  • 你好,我的数据是有参考基因组的并且也只想得到差异表达基因,想问一下楼主在stringtie那一步,我看到很多文章还有一步merge分别生成新的转录本的那一步,那一步到底要加嘛?

    RNA-Seq数据分析:cutadapt+hisat2+samtools+stringtie+deseq2

    参考教程: Griffith Lab tutorial[https://rnabio.org/course/] raw data/PF data/Q30 data/clean...

  • @呆_6547 我说的不是这个意思,我的意思是在stringtie这一步,只看差异表达基因,还需要merge这一步嘛???

    RNA-seq用hisat2、stringtie、DESeq2分析

    一、安装软件 1、HISAT2 将reads比对到基因组上 2、StringTie 将比对好的reads进行拼装并预计表达水平 3、SAM tools 课上已经用sudo a...

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