细菌测序组装完成后，想要查找菌株携带的已知的毒力基因和耐药基因，我首推使用ABRicate推荐使用conda安装：conda install abricate安装完成后，运行...
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细菌测序后想要查找其携带的毒力基因和耐药基因？ABRicate我觉得还行 -
TBtools与abricate综合运用：毒力基因/耐药基因热图绘制首先安装好abricate和TBtools，abricate用conda:conda install -c bioconda abricate以十株NCBI数据库中的大肠杆菌...
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2022-11-22教你如何使用gffread软件一、获取软件1、利用conda，简单快捷 2、下载安装这里用到了gffread (https://github.com/gpertea/gffread[https://git...
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2023-09-12Prokka and Roary在这个演示中，我们将探索如何从一组分离的基因组序列中快速确定泛基因组。这个演示依赖于两个软件，Prokka和Roary，所以如果你最终发表了用这些工具获得的结果，请记住引用它...
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TBtools | 地球最友好的 GFF3/GTF 序列提取工具无论是Windows，MacOS, Linux桌面的用户，你都可以也会使用。 写在前面 伴随基因组测序的普及，越来越多物种的基因组测序项目开展并报道，为科研工作者提供了更为全...
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【基因组学】从基因组中提取基因序列，一段序列及相应的注释文件
写在前面要让从基因组中获取信息变得像喝水那样简单。 --by zhougengxu 预先准备 我以水稻基因组为例，像大家介绍如何提取序列。 基因组文件：水稻基因组，水稻...
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bedtools: getfasta
知道feature在基因组上的位置，用来获得feature的序列 bedtools getfasta [options] -fi genome.fasta -bed bed6...
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利用泛基因组挖掘目标细菌的靶标基因-Roary,gbksplit和TBtools准备 1.基因组序列下载与注释，使用prokka进行注释，获得gff文件。参考我前一篇：autoprokka:使用prokka批量注释 - 简书 (jianshu.com)[...
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