把RNA-seq(2)-2下载的sra文件转换为fastq格式的测序文件，并且用fastqc软件测试测序文件的质量，理解各指标的意义。 1 数据解压：用samtools中的f...
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RNA-seq(3):sra到fastq格式转换并进行质量控制 -
RNA-seq(1) :用conda安装RNA-seq所需要的工具
写在前面: 来自生信技能树《生信必修课之软件安装》学会用包管理工具安装软件 普通安装和配置，请看这篇Linux下bowtie2安装(非conda)和配置 注意 现在清华镜像源...
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从0开始，包括软件安装，环境设置，原始数据下载，转换，差异基因分析等整个流程
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RNA-seq入门实战（一）：上游数据下载、格式转化和质控清洗本节概览：1.在文章中找到 GEO accession number, 从NCBI获取数据SRR号2.在linux中使用prefetch命令根据SRR号下载SRA文件3.使用...
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WGCNA分析 | 全流程代码分享 | 代码三关于WGCNA的分析，共有3期教程，今天是的第三期。前面两期是使用代码进行分析的，也是我们的平时最常用的分析方法，对我个人来说也是最简洁的方法。（PS：对于使用代码分析，个人...
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遗传作图软件Joinmap4.0使用方法软件下载及安装网上都有教程。具体不再赘述。本文具体讲解Joinmap具体操作（网上没有这么详细）。 首先打开Joinmap4.0 创建文件 点...
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MEGA 新版 MEGAX 蛋白质序列进化树构建软件下载：https://www.megasoftware.net/ 1、数据输入 2、进化树构建 这就画出来了 调整成圆形 有点多哈 此外这次分析的蛋白质序列，大概这个样子
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MEGA 构建进化树步骤
【转载】 分子进化的研究对象是核酸和蛋白质序列。研究某个基因的进化，是用它的DNA序列，还是翻译后的蛋白质序列呢？序列的选取要遵循以下原则：1）如果DNA序列的两两间的一致度...
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系统进化树简介及构建系统进化树学习笔记。 系统进化树简介 系统进化树（Phylogenetic tree）：用一种类似树状分支图形来概括各节点之间的进化关系，节点可以是不同物种、同一物种不同样本...
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在R中利用fasta序列构建进化树“进化树的构建怎么操作？”“那肯定是用MEGA啊！” 可是真的好麻烦啊，要先比对再建树，然后再进行各种美化，习惯了R就用R解决吧。 简单Google之后发现R有现成的包可以完...
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基因家族分析（1）——进化树构建与美化更多内容关注微信公众号：“今日之森” 后获取。 “好看的皮囊千篇一律，有趣的灵魂万里挑一” 进化树的构建绝不仅仅是将一堆序列扔进MEGA等建树软件，随便生成树那么简单，因为总...
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基因家族分析（3）进化树构建及美化基因家族树构建最常用的方法是 NJ 法和 ML 方法，构建进化树之前，需要进行多序列比对。 多序列比对 多序列比对的作用是将核酸或者氨基酸序列对齐，使得相同残基的位点位于同一...
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@Wei_Sun 好的，谢谢，解决了
9.2 GWAS：关联分析——TASSEL（GLM/MLM/CMLM)
TASSEL是最早出现的用于动植物关联分析的软件，还可以对进化模式以及连锁不平衡进行评估，功能非常强大，要说缺点，可能就是真的有点慢。 表型数据处理在下面这篇帖子中有介绍，这...
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read.table()报错 incomplete final line; line xx did not have xx elements
问题 今天在读取一个.xls文件的时候报错，incomplete final line。 .xls文件另存为.txt，继续报错，line 2 did not have 6 e...
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你好，问下做线性混合模型时报错信息[main] ERROR net.maizegenetics.pipeline.TasselPipeline - TasselPipeline: parseArgs: unknown fork: -runfork4
mlm.sh: line 2: $'\r': command not found是怎么回事9.2 GWAS：关联分析——TASSEL（GLM/MLM/CMLM)
TASSEL是最早出现的用于动植物关联分析的软件，还可以对进化模式以及连锁不平衡进行评估，功能非常强大，要说缺点，可能就是真的有点慢。 表型数据处理在下面这篇帖子中有介绍，这...
