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比较基因组学常用分析软件和分析方法
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那令人困惑的比对工具选择啊~
写在前面的废话 我可能不适合做科研，因为我总是对一些“没有必要”的事斤斤计较~ 刚开始接触二代测序时，是跟着Jimmy大神从RNA-seq开始入门的。那时候使用的比对工具是H...
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Blastdbcmd,makeblastdb,blastn.使用简介
blastdbcmd,makeblastdb,blastn.使用简介 运行平台是 ubuntu 17.04 1 blastdbcmd 作用: Retrieves sequen...
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全基因组复制 WGD |（一）简介
01 什么是全基因组复制 多倍化（polyploidy）或全基因加倍/复制（whole genome duplication, WGD）事件是指基因组内的所有序列都发生重复，...
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入门流程 | 三代测序基因组从[ 组装 ]到[ 评估 ]- Pacbio、Flye、Quast写在前面 最近，带一个师妹了解并做了简单的基因组组装工作，感觉其上手速度还可以。慢慢地有初窥生物信息学数据分析门径的样式，于是....还是鼓励她整理整理流程，分享分享（其实....
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hifiasm对HiFi PacBio进行组装hifiasm是一个能有效利用PacBio HiFi测序技术，在分型组装图(pahsed assembly gprah)中可靠的表示单倍体信息的算法。 流程介绍 hifias...
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单倍体组装工具Hifiasm简介及基本运行命令(一)随着测序技术的发展及新的组装工具的不断开发应用，基因组denovo测序及组装进入了Genomic2.0时代，我认为Genomic2.0时代的标志有两点：1. 三代长读长测序及...
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BUSCO 评估基因组组装质量和完整性工具使用BUSCO是Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs（通用单拷贝同源基因基准）的缩写，基于基因进化（有参比对）评估基因组组装和...
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Linux添加环境变量
临时环境变量 查看：echo $PATH 添加：export PATH=$PATH:/home/jdk/bin 永久环境变量 /root目录下编辑.bashrc，或者任意目录...
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在Linux中，将安装好的软件添加到环境变量可以通过两种方法实现
在Linux中，将安装好的软件添加到环境变量可以通过两种方法实现：将软件所在目录添加到环境变量的PATH中，或者复制软件到已经在环境变量中的目录。每种方法都有其优缺点，具体取...
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生物基础知识-CDS、ORF、启动子、终止子、转录因子、UTR刘小泽写于2020.2.8大概回顾一下基础知识 一：ORF与CDS ORF：open reading frame（开放阅读框） 它是理论上的蛋白编码区，一般是先在DNA序列中...
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2024-02-01半年没写文章了...写个总结理清思路
最近在写文，其实写结论反倒是最简单的（这里的简单不是说传统意义上的简单，只是不麻烦，动脑子查查其他论文，实在不行扔给我导就行（并不）），我最讨厌的是把数据描述出来的最基础那块...
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一文讲完叶绿体基因组比较分析的全部软件和配套ggplot绘图脚本前段时间，发表了一篇叶绿体基因组比较分析文章。尽管这类套路文已经不再热门，但在准备数据分析的过程中，仍感各种资料教程之零散，各种文章的做图工具也是令人眼花缭乱。故此，列出个人...
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生信分析18：如何鉴定选择清除区域文献18中，作者用了很大篇幅去鉴定各个亚群的受选择区域，然后与其性状关联。本次推送将介绍如何进行选择清除分析。 相关概念 选择即有条件的筛选，在群体研究中可以分成自然选择和人...
