导读 MaAsLin（Multivariate Analysis by Linear Models，多变量线性回归模型）功能：相关性分析特点：多表型同时分析，矫正协变量数据输...
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16S测序分析（四）用MaAsLin寻找组间差异细菌 -
生信分析：两条件时间序列转录组的基因共表达网络前一篇推送为大家解读了2019年发表的PNAS文章，介绍了如何利用两组时间序列转录组数据构建特定的基因共表达网络以及利用这个网络可以得到哪些信息。 这一期推送聚焦于具体的分析...
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文献解读：两条件时间序列转录组的基因共表达网络文献 2019 PNAS Comparative transcriptomics method to infer gene coexpression networks and...
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单细胞加权基因共表达网络分析scWGCNA-01scWGCNA是一个生物信息学工作流程，是R包WGCNA[https://horvath.genetics.ucla.edu/html/CoexpressionNetwork...
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单细胞差异基因展示图最近看到一个公众号，分享了一个图片，公众号的名字为西红柿的空间转录组，代码均来着这个公众号，废话不多说，先看看图长什么样 直接上代码 加载数据与包 再看一下图片，我们要构建一...
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单细胞108篇文献解读之11---SCENIC: 单细胞RNA-seq数据推断基因调控网络和细胞功能聚类目前单细胞转录组领域用的比较多的细胞聚类方法大多是直接从基因表达矩阵推断，但是对于多样本合并分析，很多情况下会出现难以解决的批次效应，例如：有些癌症多样本的聚类结果大多每个样...
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用随机森林算法进一步筛选差异表达基因前言 很多时候，我们分析完差异表达基因后，发现会得到一大堆差异基因，常见的做法有降低Pvalue的阈值，挑选fold-change最大的基因，做通路富集然后挑重要通路上的基因...
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不常上线，有事可以找@547的小书童呀
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【转】随机森林（Random Forest）作者：Poll的笔记博客：http://www.cnblogs.com/maybe2030/p/4585705.html 1、什么是随机森林 作为新兴起的、高度灵活的一种机器...
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宏基因组数据分析流程代码熊金波实验室出品 整理归纳：Larry 本次学习使用的服务器IP地址和其用户名账户密码如下： 地址：gs0.genek.tv 用户名：u3276 密码：genek.tv（建议...
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GSA、GSEA、ssGSEA、GSVA的算法原理及它们的联系与区别一、 简述 为了从基因的表达水平中得到更加具体直观的生物学功能变化的信息，多种基于已知的基因集的分析方法应运而生。其中，基因集分析（Gene Set Analysis...
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clusterProfiler: 分析+可视化GO和KEGG富集的转录组R包写作之友 基因和基因簇的功能谱 (functional profiles) 的统计学分析及可视化 G Yu, LG Wang, Y Han, QY He. clusterPr...
