langchain 基于 0.0.109 版本 一个基于LLMs的应用程序开发框架, 通过可组合性来使用LLM构建应用程序. 其重点在于"可组合性" 大型语言模型 (LLM...
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大模型上层工具链调研 - langchain, llama-index
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scoop——强大的Windows命令行包管理工具
2020年3月1日调整文章逻辑顺序，增加aria2 16线程下载。 在下载了一系列软件管理专家后，我遇到了scoop这一个神级的软件包管理工具，他会自动设置环境变量，也会管理...
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为什么说FPKM和RPKM都错了？
这本是三年多之前我发在公众号上的一篇旧文，一些偶然的机会，发现不少朋友也在讨论这个问题，因此我重新做了梳理并发出来。这样的讨论是有益的，放在今天也不过时，我也愿意和更多的朋友...
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RPKM/FPKM/TPM标准化方法区别
几种丰度计算方法 feature 定义: 基因组上对具有不同性质区域的定义(例如: gene/exon/intron/miRNA等)。优点: 利于分类整理结果。 两类测序bi...
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小技巧4-控制绘图区大小（ggplot2）
基于ggplot2的绘图导出时，可以指定整张图像的大小，这里不做赘述。 本文所指绘图区是指坐标轴之间的绘图区，不含图例区，标题区，标签区。即横纵坐标之间框柱的区域。 导出单张...
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linux之文本内容替换命令sed
sed简介：流编辑工具，用来对文本进行过滤与替换操作。 sed流程：sed通过一次仅读取一行内容来对某些指令进行处理后输出。 1、sed通过文件或管道读取文件内容，但sed默...
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听说你的桑基图也无法保存？
之前写过画桑基图和网络图的推文：https://www.jianshu.com/p/ff295d3444b4[https://www.jianshu.com/p/ff295d...
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sed+正则表达式 替换文本文件
使用sed + 正则表达式批量匹配并替换文本内容 创建文件 text.txt 替换 「world」为 Moto 替换「1.1.2-a1b2c3d」 使用正则表达式sed -i...
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RDA分析原理1. RDA的基本方法描述 冗余分析（RDA）和基于转化的冗余分析（tb-RDA） Rao（1964）首次提出冗余分析（Redundancy analysis，RDA），从概...
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【KEGG-1】KEGG数据库
欢迎关注公众号oddxix KEGG 简介 KEGG全称: Kyoto Encyclopedia of Genes and GenomesKEGG是一个整合了基因组、化学和系...
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使用clusterProfiler进行富集分析clusterProfiler是业界大神Y叔写的R包，看过了它的绘图就会使人沉迷于其颜值无法自拔。本文很多内容直接翻译自官方文档，加上了我的测试数据（还是以果蝇为例）。 一、...
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记录和分享工作、科研上的技能和方法！在此之余，也希望能帮到有同样疑问的小伙伴！<br>微信公共号：YJY技能修炼<br>特别喜欢的一句话: 生如蝼蚁当立鸿鹄之志，命薄似纸应有不屈之心。
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R绘图|pheatmap热图绘制——基础篇
清除环境及安装R包 读入数据并做简单处理 绘图并输出结果 颜色设置 修改热图颜色1 修改热图颜色2 修改热图颜色3 显示基因名称 以上数据非常多，选择部分数据绘图 调整格子大...
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Adonis与ANOSIM检验究竟是什么？做微生物16S测序的时候，公司的报告里经常会给到两种检验Adonis和ANOSIM，听过t.test、wilicox、anova各种检验，那么Adonis和ANOSIM检验是...
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搬砖的工人<br>
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IQ-TREE最大似然法构建系统发育树的神器IQ-TREE：最大似然法构建精确、快速、灵活、广泛的系统发育树 IQ-TREE自2011年就已经开发并开源，至今都有专业团队维护，其名字来源于IQPNNI和TREE-PUZ...
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从零开始学Circos绘制圈图（一）一般基因组文章都会有下面这种酷炫图，用来描述基因组的基因密度分布，转座子的密度分布，和其他物种或者多倍体的多套染色体间的共线性关系，以及其他各种你只要测序就能加上的信息，比如...
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根据vcf文件计算SNP密度并用circlize可视化结果参考 收集vcftools所有用法 命令 100000 是指定窗口长度--out 是输出文件的前缀 使用R语言中的circlize包画图 参考 用circlize包绘制cir...
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跟着Nature Genetics学作图：使用ggarrange包对ggplot2的多个图进行组合论文 Plasma proteome analyses in individuals of European and African ancestry identify ci...
