发简信
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生信笔记01：Locus tag转换为Entrez Gene ID
最近在做KEGG富集时遇到一个问题：phytozome上的数据采用的注释为Locus tag，但是kobas3.0并不支持这一类型，如此需要进行转换。如果是常见的模式物种还好...
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WGCNA分析，简单全面的最新教程本文应该是第二全的WGCNA分析教程，参考了最新的文档。第一全的还在路上，会出现于生信宝典和宏基因组公众号组织的二代三代转录组测序分析实战班上，欢迎点击链接了解更多。 WGC...
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WGCNA实例分析及解读（附代码）WGCNA分析基于两个假设：1.相似表达模式的基因可能存在共调控、功能相关或处于同一通路，2.基因网络符合无尺度分布。基于这两点，可以将基因网络根据表达相似性划分为不同的模块...
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生物节律之metacycle和cosinor分析（1）1.JTK 使用metacycle包进行JTK的分析，其实metacycle包中可选的分析方法有ARSER(Yang, 2010)，JTK_CYCLE( Hughes, 20...
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⑥📚[目录]目录⑥生信在线课程推荐：技能树/基因课/生信人/生信自学网等1.目录①转录组学习资源整合 2.目录②生物信息学相关博客、论坛、公众号推荐 3.目录③来自于生信技能树和生信菜鸟团的待刷的生信题目目录 4.目录④生信相关的优质workfl...
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用run-featurecounts.R定量时报错，得不到矩阵：
Warning message:
In DGEList(counts = fCountsList$counts, genes = fCountsList$annotation) :
library size of zero detected
Error in cpm.default(y = y, lib.size = lib.size, offset = offset, log = log, :
library sizes should be finite and non-negative
Calls: rpkm -> rpkm.DGEList -> rpkm.default -> cpm.default
Execution halted定量与标准化
基因课FTP地址：ftp://http://gsx.genek.tv/2020-3-10%E7%9B%B4%E6%92%AD%E4%B8%80%E4%B8%AA%E5%AE%...
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bilibili视频-《转录组测序数据分析》笔记看老大RNA-seq视频 P5/P6:RNA-seq：软件安装-上/下 1.有源代码的下载源代码，一般的软件会提供多个平台 2.没有源代码的下载二进制版本 linux的软件中...
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RNA-seq流程-从SRR下载到得到表达矩阵RNA-seq流程-从SRR下载到得到表达矩阵 1.数据下载 在~/project/new/路径下，将SRR号重定向到一个id里 将SRA数据转成fastq 2.质控 3.比...
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bilibili视频-《转录组测序数据分析》笔记接下来要从fa转fq文件 非常长，要用报告来看，如何做报告，如下： （写不进去，是因为是老大的命令，要放进自己的路径） fastqc文件生产后，用multiqc，综合生产一个...
