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比对算法总结(一)——基于哈希表结构的比对算法以前对比对算法不太了解，比对算法总结 这个系列会分几篇文章对比对算法进行介绍，本篇主要介绍最原始的基于哈希表结构的比对算法。 1 比对算法简介 目前短序列比对软件通常采用多重...
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5.序列比对（贯穿所有的生物信息学）2019.10.22 勤奋，在思考和文献中游走。 1. 序列比对、DNA序列比对、蛋白质序列比对、BLAST比对搜索、理解BLAST输出结果。 2. 和人最近的是黑猩猩。杨树...
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谈谈对BWT算法的理解最近对分析流程里用的bwa和mutect2的原理感兴趣，打算稍微了解下。说起来本科时候也学过一些经典算法，印象最深刻的就是NW全局比对和SW局部比对了。当时老师是正好抽到我的...
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Dragon star Day 2 Pt.1 关于序列比对、计分方法、BLAST原理及判断值、BWT原理Dragon star Day 2 20190730 关于序列比对、计分方法、BLAST原理及判断值、BWT原理 补丁笔记之终于上手画了-为什么这么难？-因为你是指南针呀-。...
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关于GATK分析RNA-seq数据的一点建议——原创：雷万钧 问题起因： 首先，我在做RNA-seq数据分析Mutaion的时候发现一个问题： 在查看某个样本的突变信息发现，没有被检出，但是查看bam 却发现有很好的r...
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SAM/BAM文件HEADER/FLAG/CIGARSAM文件HEADER: SAM Format Header[https://www.samformat.info/sam-format-header] SAM文件每一列的信...
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高通量测序的数据处理与分析指北(二)--宏基因组篇博客原文[https://lantary.cn/bioinformatics/NGS(2)-metagenome.html] 宏基因组篇 前言 之前的一篇文章[https:/...
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基因组测序数据的处理和分析流程
第一步，测序数据的质量检查。测序的原始数据的标准文件为fastq格式，是原始图像数据文件碱基识别转化得来，通常称为 raw reads。fastq 文件包含四行： 第一行是序...
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NCBI中与基因组相关的数据库
NCBI全称National Center for Biotechnology Information（国家生物技术信息中心），是美国国家医学图书馆（National Lib...
