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20190428-R语言循环函数Reduce-UsageReduce(f, x, init, right = FALSE, accumulate = FALSE)对x的第一、二两个元素运行函数f，得到的结果与第三个元素...
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请问我在安装DropEst时，出现这样的问题怎么解决呢？cmake -D CMAKE_INSTALL_PREFIX="/public/home/XXX" . && make
CMake Error: The source directory "/public/home/XXX/tools/dropEst/build" does not appear to contain CMakeLists.txt.
Specify --help for usage, or press the help button on the CMake GUI.dropEst 软件安装时的坑
遇到gcc版本不够的问题，先通过命令：module ava gcc 看看有没有多余的gcc版本，如果有，load就好了，相应的软件都可以load上来， module load...
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空间转录组教程|| stLearn ：空间轨迹推断空间信息在空间转录组中的运用[https://www.jianshu.com/p/4804574c7838]Giotto|| 空间表达数据分析工具箱[https://www....
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Cell Ontology:解析细胞类型新维度记得在文章CD8+CD28- Treg||我就不信就我一个人觉得现有的细胞群命名有点麻烦和文章单细胞数据科学的十一个重大挑战中，我们提出过传统细胞类型定义的困惑：细胞名称及其...
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2020-04-14 ggplot2进阶-区域放大，交互注释上个月在表观学习小组的讨论上，说起过文章里面的区域放大效果图怎么做的，当时还没有了解到真的有R包能完成，大多数人认为可能是PS做的,最近偶然看到一个推送，原来那种图是由ggp...
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R语言可视化学习笔记之添加p-value和显著性标记上篇文章中提了一下如何通过ggpubr包为ggplot图添加p-value以及显著性标记,本文将详细介绍。利用数据集ToothGrowth进行演示 比较方法 R中常用的比较方...
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GSE83521/GSE89143去除批次效应老大在群里出的题，说感觉这个热图很诡异，然后中间我自己没有用boxplot查看数据的表达量，对于数据不能有正确的认识，导致一开始的deg的logFC都没有达到正负1的，最重要...
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那些常用的limma操作刘小泽写于19.12.29 + 2020.1.1这一篇不扯别的，只列我认为比较重点的limma包的知识，所以代码部分可能比较多。但也会用不同的知识点来区分 前言 limma的...
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利用R语言做主成分分析（PCA）自学笔记
成分分析（Principal Component Analysis，PCA）， 将多个变量通过线性变换以选出较少个数重要变量的一种多元统计分析方法。又称主分量分析。当在研究中...
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谢谢
单细胞数据为什么要去除批次效应？
做单细胞测序的时候，我们往往用到不同时期或者不同测序平台的数据,即使是同样的细胞类型，也可能完全不能聚类到一个类群中，如下所示，这两个数据是不同时期做的同一个细胞，几乎没有交...
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单细胞转录组学习笔记-13-差异分析及KEGG注释简介
刘小泽写于19.8.7-第二单元最后一讲：差异分析及KEGG注释简介笔记目的：根据生信技能树的单细胞转录组课程探索smart-seq2技术相关的分析技术课程链接在：http:...
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您好，请问整合后的结果可以做哪些下游分析呢？有哪些工具可以用呢?
Seurat3||整合方法merge()与IntegrateData()
随着单细胞测序技术的成熟，越来越多的研究者选择应用该技术来阐释手上的生物学问题。同时单细胞也不再是单样本单物种单器官的技术，往往会用到多样本整合分析的技术，这方面Seurat...
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2019-11-20sankeywheel包画桑基图许多R包都可以画桑基图和轮状图，如 circlize, networkD3, and ggalluvial。这些包都非常好，非常有用。问题来了，吃饱了撑的再弄一个同样的画图包...
