25. 曼哈顿图绘制 清除当前环境中的变量 设置工作目录 使用qqman包绘制曼哈顿图 使用CMplot包绘制曼哈顿图
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LD衰减图的理解与应用
在群体遗传学研究中，LD连锁不平衡分析是最常见的分析内容，也是关联分析的基础。如何正确理解并且进行相关的LD连锁不平衡分析是群体遗传中很基本的一件事情。下面和大家一起学习一下...
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GWAS基本分析内容之前给大家大致介绍了GWAS在临床生信分析中的概况，包括一些基本概念，原理和注意事项（出门左手边—>临床生物信息学中的GWAS分析），这次具体讲讲GWAS基本分析内容及结果解...
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全基因组关联分析（GWAS）-基本分析内容1、GWAS 流程 image.png数据质控• 1）按分型百分比条件过滤，多数文章剔除缺失率在20%以上的位点，样本量较大的群体中，可以将缺失率小于50%的位点都保留；• ...
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【GWAS】GAPIT使用教程
GAPIT（genome association and prediction integrated tool）华盛顿大学等于 2012 年开发的软件（软件主页：http:/...
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vcftools安装及基础用法
vcftools是一种可以对VCF文件和BCF文件进行格式转换及过滤的工具，功能非常强大，而且运算速度也很快。 1.下载及安装 1.1 下载地址 http://vcftool...
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GWAS分析- P值计算过程 (七)目前针对GWAS分析有很多软件，比如Plink、 Tassel、Gapit、EMMAX、gemma和GCTA等等,这些软件通过输入基因型文件和表型文件，可以直接求出每个标记对...
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GWAS分析-多个性状的manhattan组合图绘制(五)在之前GWAS分析中，我们已经学会了如何使用R包qqman对单个性状绘制manhattan图，有时会需要将多个性状的manhattan图组合到一张图中分析，今天就带小伙伴学习...
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GWAS分析-R包GAPIT (四)GAPIT (Genome Associated Prediction Integrated Tool),是一个R包，使用Gapit可以进行全基因组关联分析和基因组预测（选择...
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GWAS分析-常用文件格式 (三)我们进行GWAS分析，必须得有数据，那么什么样的数据，什么样的数据格式才能保证GWAS正常分析呢。今天主要给大家分享一下进行GWAS分析常用到的几种数据格式。 （一）.bim...
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GWAS分析-曼哈顿图 (二)上次给大家简单分享了GWAS分析一些简单术语及相关事件（https://www.jianshu.com/p/67e1878845e3[https://www.jianshu....
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收藏数量遗传学和生物统计学知识
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QTL分析
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GWAS分析 (一)接触全基因组关联分析（GWAS）已经一年半有余，从刚开始对GWAS的全然无知到现在慢慢了解，越来越能体会到这项技术的了不起。同时，越来越多的科研工作者也在使用这项技术，然后就...
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GWAS分析-P值和beta值的爱恨相杀 (六)前面已经简单介绍过GWAS的概念，GWAS分析中所用到的文件以及分析流程，我们在GWAS分析结果文件中经常会看到beta值和P值，他们分别代表什么意思？这两个值又有什么关系呢...
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1.GWAS：原理与目的全基因组关联分析（Genome-Wide Association Study， GWAS）是以连锁不平衡（LD）为基础，利用全基因组范围内群体中高密度的分子标记，鉴定与复杂性...
