入门必看 | 深度解析长末端重复反转录转座子（LTR-RTs） 诺禾致源[https://www.jianshu.com/u/ee00dc6faab7]已关注 0.54220...
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入门必看 | 深度解析长末端重复反转录转座子（LTR-RTs）（转发） -
根据基因组fa文件和gff文件提取cds并翻译成pep
cds文件：注释信息里的蛋白编码序列pep文件：cds对应序列翻译成的氨基酸序列从NCBI上下载基因组时，有的并没有上传cds文件和pep文件，此时该怎么办呢？ （1）利用脚...
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生信 | circos文件准备大全（以拟南芥为例）一、写在前面 扣扣群：559758504（目前无需验证，一键即可加入） 如果你不想学，老板又催着要，你可以加群私聊我寻求帮助( $ _ $ )，但还是自己学，知识都是自己的。...
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请问这个你conda安装的怎么去运行后的参数是怎么设置的，我设置了运行不起来
装软件装到自闭之DeepVariant
DeepVariant安装 官方首推用docker装，没有root权限装个锤子；然后是从源码装，源码是基于Ubuntu的，我用的是CentOS；实在不行就用二进制文件装，我菜...
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全基因组 - 人类基因组变异分析（PacBio) （4）-- DeepVariant一、SNPs和INDELs变异检测 单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism，SNP）指的是基因组中单个核苷酸腺嘌呤(A)、胸腺嘧啶(T)...
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Conda BUSCO4的安装以及使用_Augustus物种2020-09-16
使用conda创建独立环境进行安装 检查augutus是否可以使用，查看可以使用的物种数据库。 检查Busco是否可以使用，查看可以使用的物种数据库。 使用该命令查看物种库b...
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VCF格式文件的shell小练习
前期准备,生成vcf格式 1.把突变记录的vcf文件区分成 INDEL和SNP条目 2.统计INDEL和SNP条目的各自的平均测序深度 3.把INDEL条目再区分成inser...
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seqtk --- fasta/fastq文件的操作神器
seqtk是李恒编写的一款能够快速处理fa/fq文件处理的神器，不仅能处理文本格式还能直接处理gzip压缩后的fa/fq文件格式。你可能不了解李恒，但你肯定知道 samtoo...
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感谢作者
DeepVariant的安装和使用
概述 在2018年，DeepVariant[https://doi.org/10.1038/nbt.4235]以letters的形式发表在Nature biotechnolo...
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DeepVariant的安装和使用概述 在2018年，DeepVariant[https://doi.org/10.1038/nbt.4235]以letters的形式发表在Nature biotechnolo...
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这或许是我写的最全的BLAST教程Basic local alignment search tool (BLAST) 包括：blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx等....
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bedtools intersect用法 (intersectBed)bedtools intersect可以对两个基因组特征 (genomic features) 进行overlap，找到两者重合的区域。比如求两个peaks的交集，或者看很多...
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小麦WGS分析比对率，测序深度，覆盖度，SNPresequencing data analyses 1. mapping 率 2. sequencing depth 第一列尾染色体号；第二列碱基；第三列为碱基上的测序深...
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2022-10-10 samtools分析测序基因组的depth和coverage
对基因组测序完成后，我们经常需要统计测序深度（depth）和对基因组的覆盖率（coverage） 这两个概念有时候不太好区分，有时coverage也表示测序深度x. 我们用s...
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【动植物研究动态】20220515文献解读
Nature Genetics | 福建农林大学等：揭示植物基因枪介导的转基因过程及番木瓜的驯化历史[https://mp.weixin.qq.com/s/fE7WqdW0S...
