Snippy****基因组分析软件环境搭建及使用 官方文档：https://github.com/tseemann/snippy[https://github.com/tse...
IP属地：陕西
-
Linux Snippy基因组分析软件环境搭建及使用 -
记一次数据分析--基因的聚类分析溯源--进化树构建接着上一个视屏讲，很多人说代码的输出结果看不懂，今天详细聊一下 今天选择了11个沙门菌进行聚类分析，最终构建进化树 聚类(Cluster)分析顾名思义就是指将研究的对象进行分...
-
系统发育树的构建与优化：从序列选择到进化树美化一、系统发育树的基本情况 系统发生树（Phylogenetic tree），一般也叫系统进化树或简称进化树，可基于分子进化的假设，基于特定的算法，构建展示一定的树状分支图形来...
-
零基础学生信-生物信息常见的数据格式学习生物信息，走近生物信息学~ 生物信息学是一门跨学科研究领域，将计算机科学、统计学和数学结合，通过计算技术和算法分析生物数据，研究生物系统的结构、功能，预测生物过程，探索新...
-
我的SNP calling和核心SNP(core SNP)聚类分析流程
个人进行SNP分析用的软件是snippy[https://github.com/tseemann/snippy]，主要是可以一次批量完成。准备工作：1.待分析的序列文件（fa...
-
打包conda生信分析环境以及一款好用的终端软件感觉conda很好用，就是我自己经常遇到服务器连不上外网装不上软件的情况，这时候用conda将软件装在自己电脑上，打包再传到服务器上去用就成为我的一个小方法。首先先安装con...
-
写了个小脚本autosnippy:自动cgSNP分析
最近写了一个snakemake流程，方便自己跑SNP分析。目前还是需要手动编辑一个文件表，剩下就是直接等着收树文件了。 安装 首先克隆git clone https://gi...
-
快速序列比对之BLAST
BLAST的大名对于做生物的同学可以说是如雷贯耳，哪怕非生信的同学也或多或少接触过这个东西。我们通常会使用ncbi的blast在线工具进行比对，但具有一个缺点就是很慢，因此我...
