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一般基因组文章都会有下面这种酷炫图，用来描述基因组的基因密度分布，转座子的密度分布，和其他物种或者多倍体的多套染色体间的共线性关系，以及其他各种你只要测序就能加上的信息，比如...

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转载自 LAI: 评估基因组质量一个标准 基因组组装完成之后，就需要对最后的质量进行评估。我们希望得到的contig文件中，每个contig都能足够的长，能够有一个完整的基...

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0.参考https://github.com/zhaotao1987/SynNet-Pipeline[https://github.com/zhaotao1987/SynNe...

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前言 最近的推文将是一个大系列，目录就不放了，可能会有点多，主要涉及了基因注释，比较基因组学分析，基因家族分析等，大家看我博客的顺序就行。 基因注释参考链接[https://...

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目前热门的单体型基因组组装，以下内容来源于安诺的单体型基因组组装新品发布会单体型也称为单倍型。二倍体有两套染色体单体，一套来自父本，一套来自母本。在父本和母本之间会存在一些差...

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Rfam是用来鉴定非编码RNA的数据库，常用于注释新的核酸序列或基因组序列。 最新版本的Rfam14.4，已经包含了3941个家族。 Rfam官方网址：https://rfa...

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1. ncRNA 非编码RNA(Non-coding RNA, ncRNA) 包括rRNA，tRNA，snRNA，snoRNA 和microRNA 等不编码蛋白质的RNA，它...

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1. 组装基因组质控 得到组装好的基因组序列之后，首先要使用多种方法评估组装质量。这里用到2款可用于基因组组装质量评估的软件——QUAST和BUSCO。 1.1 quast—...

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EDTA (Extensive de novo TE Annotator), TE注释工具 整合了几款TE注释工具与一体，具体如下 详情请看： https://github....

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以前做基因组的repeat注释的时候，我一般都是采用repeatmasker/model的，在注释大点的基因组，尤其是烟草的时候，总觉得速度让人捉急。最近，做新的基因组注释相...

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1.常用HiC挂载软件 ALLHiC张兴坦老师专为多倍体和高杂合度物种基因组挂载开发。如果是复杂基因组，肯定是首选。对于简单基因组，我跑了下，结果不佳。提了issue，张老师...

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Hifiasm 使用教程 介绍 Hifiasm 是一个快速的单倍型解析 de novo 组装软件，最初设计用于 PacBio HiFi 读取。其最新版本可以通过利用超长的 O...

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本文只是按照自己的需求翻译了HaploMerger2提供的手册部分内容。HaploMerger2的帮助文档写的非常好，一定要花点时间去读啊！ HaploMerger2的分析流...