IP属地：密苏里州
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谢彦
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RNA-seq分析（STAR-RSEM-DESeq2）
一、准备RNA-seq数据 需要参考基因组文件，注释文件，样本的fastq.gz文件 检查fastq.gz是否完整 二、fastqc生成质量报告（multiqc 提高查看效率...
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10X单细胞揭示肿瘤浸润性T细胞的泛癌单细胞图谱临近年底了，再过几天，就穷了一年了，不知道是不是该珍惜现在穷的日子，因为以后肯定会更穷的，😄。今天我们来分享一个T细胞方面的研究，当然主要还是针对肿瘤的，参考文章在Pan-c...
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10X单细胞（10X空间转录组）TCR数据分析之TCR 内在调控潜力系统（TiRP）hello，大家好，随着我们分析的深入，单细胞TCR和BCR的分析也要大量进入我们的视野了，之前也分享了一些有关TCR的文章，以后我们慢慢丰富这块的内容。关于TCR（BCR）...
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10X单细胞（10X空间转录组）TCR数据分析之TCRdist(1)hello，大家好，今天我们开一个新的专题，有关TCR数据分析的部分，这部分相对于转录组要难的多，我们今天来一个基础的，计算TCR的distance。有关TCRdist的知识...
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10X单细胞（10X空间转录组）转录组 & VDJ 联合分析（15）之CoNGAhello,大家好，又是周五，一周的收官之战，今天我们需要复习一下CoNGA[(https://www.jianshu.com/p/00aa3ecb0944)]，实在是太重要...
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10X单细胞分析揭示了肺癌抗 PD-1 治疗过程中前体耗竭 T 细胞的克隆复苏和扩增hello，大家好，这一篇我们来看一下张泽民新发表的文章，Temporal single-cell tracing reveals clonal revival and ex...
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Scillus——提高scRNA-seq数据的处理和可视化(三)绘图 1.降维图形绘制 降维图可以通过plot_scdata()函数绘制： plot_scdata()有三个可选参数：color_by，split_by，和pal_setup...
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2.ggplot2——入门（二）2.6绘制几何图形 您可能会猜测，通过替换geom_point()[https://ggplot2.tidyverse.org/reference/geom_point.ht...
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ggplot2画图的颜色自定义技巧今天以geom_point()函数为例来探索一下颜色的自定义设置。在ggplot2画图思维中最重要的一点是图层概念（即几何对象）。后面添加的图层就在上面，那么诸如大小和颜色之...
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10X空间转录组解析肠道区域及损伤和修复动态hello，又是周一，新的开始，今天我们继续分享10X空间转录组的分析内容，而今天主要的内容就是借助空间技术解析肠道的损伤和修复动态，其中用到了大家熟知的NMF[https:...
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R读取excel文件的最佳方式
背景 众所周知，excel生成的文件后缀是xls或者xlsx，早期读取这样的文件，要么就另存为csv格式，要么就用readxls或者xlsx这样的R包，可能会遇到Rjava报...
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Bulk RNA-seq上游分析流程（Salmon）
转录组分析一般通过比对或非比对的方法对基因表达进行定量，得到一个样本-基因表达矩阵用于下游数据分析。下游分析通常是进行差异表达分析，对差异基因进行功能注视，如Gene Ont...
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10X单细胞（10X空间转录组）数据分析总结之各种NMFhello，大家好，今天我们来初步总结一下所有单细胞分析用到的NMF。 我们先来简单回顾一下批次矫正的方法liger。LIGER 是 19年发在 Cell 上的，算是连着自己...
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10X空间转录组聚类分析之图卷积网络（graph convolutional network）hello，大家好，今天给大家分享10X空间转录组一个新的分析点，图卷积网络，关于这个，不知道大家对机器学习了解多少，希望认真做科研的人，能够好好学习一些数学方面的知识，对自...
