欢迎关注”生信修炼手册”! 在之前的文章中，我们提到利用网络聚类算法可以从复杂的蛋白质网络中挖掘蛋白复合体或者相应的功能模块，其中MCODE算法是最常用的挖掘蛋白复合体的算法...
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PPI网络实战:String加Cytoscape联手挖掘PPI网络
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TCGA文章复现——LncRNA-CRC预后Title:An Integrated Three-Long Non-coding RNA Signature Predicts Prognosis in Colorecta...
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TCGA数据挖掘六：怎么随机把数据分成两部分
加载到表达矩阵，分组，生存情况 切割数据组 方法一：完全随机切割 方法二：recipes包，切割数据，可以保证分组平衡（一般用这个方法比较好） 最后：进行了lars回归，把数...
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WGCNA文档使用教程本文是对WGCNA英文说明文档的翻译，英文的请查看这里[https://horvath.genetics.ucla.edu/html/CoexpressionNetwork/...
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CIBERSORT 免疫浸润(2023.1.2更新版)目前主流的免疫浸润计算方法是CIBERSORT和ssgsea，今天介绍CIBERSORT。 1.输入数据要什么 下面这段话摘自CIBERSORT的介绍 Importantly...
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TCGA数据差异分析后生存分析（批量单因素cox回归/Lasso筛选，多因素cox建模，时间依赖ROC曲线及KM plot可视化）测序上游分析系列： mRNA-seq转录组二代测序从raw reads到表达矩阵：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从raw r...
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TCGA_gdc_client terminal下载——>id 转换TCGA官网[https://portal.gdc.cancer.gov/] 数据下载 从网页选择数据，下载manifest文件 下载表达数据expdata_manifest...
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【R语言】临床特征分组，多分类转换成二分类
前面我们讲过肿瘤TNM分期[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI4ODE0NTE3OA==&mid=2649200167&idx=1&sn...
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m6a-lncRNA week02
【LGG数据下载】 从CGGA数据官网下载RNA-seq数据，选择其中包含325个样本的测序数据，下载表达矩阵和临床信息表达矩阵：CGGA.mRNAseq_325.RSEM-...
