要分享就用点心，一大批代码都是错误的，你看代码前后连接的起来吗
RNA-seq入门实战（四）：差异分析前的准备——数据检查本节概览：数据预处理, 进行样本间具有可比性boxplot查看样本的基因整体表达情况查看不同分组的聚类情况：样本hclust 图、距离热图、PCA图、差异基因热图、相关性热图...
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超级生信热点NamiRNA,值得关注！都2023了，你还在做传统的ceRNA?老板指定的研究方向就是miRNA，然而传统的miRNA调控模式就烂大街了，成为批量生产SCI的超级“灌水”工具，基本没有创新性可言，遇...
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代谢组研究必备数据库【HMDB】 | 数据库推荐
做代谢组研究，你一定会用到它——HMDB 人类代谢组数据库(HMDB)于2007年首次发布，被认为是人类代谢研究的标准代谢组学资源，包含有关人类代谢物及其生物学作用、生理浓度...
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遗传学 博士研究生在读
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DESeq2详细用法1.构建DESeq2对象 （1）从SummarizedExperiment对象构建DESeqDataSet对象 se为RangedSummarizedExperiment对象...
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基因芯片批次效应处理
由于实验人员、技术、环境、时间点、芯片处理等各种因素原因，得到的芯片表达矩阵是含有非生物学因素差异的。有时候想分析两组间差异，但是一个数据集下面的样本数量略少，因此想整合多个...
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大佬请问一下为什么expm之后，normalization 还persists
seurat-FindAllMarkers()源码解析
现在回想单细胞项目的一些常规分析，clusters/groups间的差异表达分析（differential expression analysis）几乎是分析必备项，Find...
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单细胞分析中的NormalizeData()与ScaleData()区别在哪儿？今天又是入门单细胞分析的一天在单细胞分析当中，我们会用到两个函数：NormalizeData()和ScaleData()，这两个函数的区别到底在哪儿？它们到底对我们的单细胞数...
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初学SingleCellExperiment对象SingleCellExperiment是通过SingleCellExperiment包创建的单细胞数据分析对象，已有几十个单细胞R包支持。其衍生自SummarizedExp...
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我想问个问题，rlog之后的数据可以直接拿来做limma分析吗，因为limma要求输入的是经过log2转化的，
DESeq2详细用法
1.构建DESeq2对象 （1）从SummarizedExperiment对象构建DESeqDataSet对象 se为RangedSummarizedExperiment对象...
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ChIP-seq实践(H3K27Ac,enhancer的筛选和enhancer相关基因的GO分析)在实践之前，我先查找了一下有关组蛋白修饰的知识点：（参考文章：https://www.jianshu.com/p/8aca72809c5c） 组蛋白修饰能预测染色质的类型（异...
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【生物信息笔记】HOMER 找 DNA motif
What is HOMER？ HOMER is a software for motif discovery and ChIP-Seq analysis HOMER软件是Li...
