徐老师您好,请教一下,如果一个单细胞样品有多个run该如何处理呢?我之前的做法是把每个run命名为不同的泳道,比如L1,L2这样子,然后跑cellranger count,不知道这样处理对不对以及最好的处理方法是什么?
单细胞测序上游分析-从原始数据到cellranger定量单细胞系列教程目录索引,持续更新...[https://www.jianshu.com/p/98fc6c80c216] 为避免造成环境污染,建议使用conda创建隔离环境进行...
徐老师您好,请教一下,如果一个单细胞样品有多个run该如何处理呢?我之前的做法是把每个run命名为不同的泳道,比如L1,L2这样子,然后跑cellranger count,不知道这样处理对不对以及最好的处理方法是什么?
单细胞测序上游分析-从原始数据到cellranger定量单细胞系列教程目录索引,持续更新...[https://www.jianshu.com/p/98fc6c80c216] 为避免造成环境污染,建议使用conda创建隔离环境进行...
参考生信技能树:pyscenic的转录因子分析结果展示之5种可视化[https://mp.weixin.qq.com/s/SIfyGzx4fwXPtQsVvvwwMQ]、py...
@Sc_RNA_seq 谢谢!
RNAvelocity系列教程2:使用 Seurat 和 scVelo 估计 RNA 速率此教程展示了使用 scVelo 分析存储在 Seurat 对象中的 RNA 速率值。如果您在工作中使用 scVelo,请引用下文: Generalizing RNA velo...
感谢大佬的教程,学到很多!
有个疑问,在转换为seurat对象的时候这一步:bm[["RNA"]] <- bm[["spliced"]],是不是意味着cellranger上游流程导出的表达矩阵中的counts数就是剪切后的mRNA?
RNAvelocity系列教程2:使用 Seurat 和 scVelo 估计 RNA 速率此教程展示了使用 scVelo 分析存储在 Seurat 对象中的 RNA 速率值。如果您在工作中使用 scVelo,请引用下文: Generalizing RNA velo...