发简信
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生信6--SAM和blasttab+过滤一样的结果
我在处理数据的时候发现sam文件和blasttab+文件排序不同sam文件是按照reference里面的名字排序的，而blasttab+是从高到...
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python 无聊的包python内置的很有趣的包 import import this
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生信5--python多线程multiprocessing模块
用multiprocessing模块来多线程from multiprocessing import Process 先用列表建立一堆Proces...
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生信4--用python将blasttab+格式文件和fasta文件写成class对象并给予方法
blasttab+结果写成class先每一行解析一下 发现不是很方便，那就把每一行形成一个列表写成类对象，用了pandas模块方便一点 这样，运...
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生信3--使用python搭建生信流程之python交互式运行本地化blastn
最近正好用python重新搭建流程，就展示一下python和Linux系统的互动os是operating system（操作系统）的缩写，所以P...
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生信2--利用Biopython解析genebank格式文件Ncbi下载的文件很多是注释完的Genebank格式文件，如果只有一个菌株的全基因组注释还能人工通过查删改，如果是一个文件含有大量的菌株，就要自...
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python1--PDF转化成txt
很多文献都是PDF的格式，特别是很多文献附有表格，要是能够直接抓取就好了，正好python有一个pdfplumber包，可以解析PDF格式文件 ...
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生信1--从fasta文件中根据位置信息提取指定区域的片段
作为生信工程师，终于掌握了python面对对象编程的思路，开始磨刀霍霍使用屠龙之术。但是在此之前还是好好从简单的代码出发 好记性不如烂笔头，所以...
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Snakemake的初步安装本人以前一直使用脚本搭建数据分析pipeline，想着能不能使用什么软件管理一下。就百度到了Snakemake软件可以用于搭建流程，初步安装一下...