@精神秃头生信小伙儿 感谢你的帮助~！
Hyphy，不亚于Paml的选择压力分析的优秀软件，使用指北近几年来，Hyphy的使用人数越来越来多，虽然不及paml，但这款软件的一些优秀特性使得它值得受到使用和关注。首先相比paml，hyphy有以下几大优点： 操作使用简单。 运...
IP属地：天津
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同学，请问你在使用Hyphy进行aBSREL分析的时候，是如何将结果种的各种node的名字和树上的节点对应上呢，好像hyphy会自动命名节点
Hyphy，不亚于Paml的选择压力分析的优秀软件，使用指北
近几年来，Hyphy的使用人数越来越来多，虽然不及paml，但这款软件的一些优秀特性使得它值得受到使用和关注。首先相比paml，hyphy有以下几大优点： 操作使用简单。 运...
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MECAT2 | 三代高效组装工具
转自：https://www.jianshu.com/p/4643d2786535[https://www.jianshu.com/p/4643d2786535] MECAT...
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@Hammmmond 我遇到了类似的报错，不过不和你的完全一样。请问你解决这个问题了么
「2022-01-04更新」HiC软件安装篇之Lachesis
2022-01-04 update: 更新了一些错误集锦 Lachesis是希腊神话众神之一，负责决定生命之线的长度。但是咱们这个lachesis是2013年发表在natur...
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3D-DNA会根据HIC挂载的结果把一些互作关系不好的区域断开，所以会有contigN50反而下降的现象
利用3D-DNA流程基于Hi-C提升基因组组装
本文可在http://xuzhougeng.top/免费阅读原文 使用二代数据或三代数据得到contig后，下一步就是将contig提升到染色体水平。有很多策略可以做到这一点...
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lachesis辅助组装流程准备工作： 准备数据参考基因组：Ler-1.allpaths_lg.final.assembly.fastaHiC数据：data_1.fastq.gz data_2.f...
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「2022-01-04更新」HiC软件安装篇之Lachesis2022-01-04 update: 更新了一些错误集锦 Lachesis是希腊神话众神之一，负责决定生命之线的长度。但是咱们这个lachesis是2013年发表在natur...
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BUSCO - 组装质量评估BUSCO - 组装质量评估软件 BUSCO - Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs 额。直译的话就是普遍通用的单拷贝直...
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您好，请问您使用哪个conda镜像来安装BUSCO呢，我的镜像貌似有问题
BUSCO 安装备忘
简介 BUSCO是一款对转录组和基因组组装质量进行评估的软件，它可以利用相近的物种的保守序列与组装的结果进行比对，根据比对上的序列比例和序列完整性来评价拼接结果的准确性和完整...
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BUSCO 安装备忘
简介 BUSCO是一款对转录组和基因组组装质量进行评估的软件，它可以利用相近的物种的保守序列与组装的结果进行比对，根据比对上的序列比例和序列完整性来评价拼接结果的准确性和完整...
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学会正确选择多序列比对（coding-sequences）软件前几天，实验室的师弟师妹通过本地blast获取一些没有基因组注释物种的蛋白编码序列。原本以为可以快速地进行下一步的选择压力分析，没想到却在多序列比对这一环节出现了棘手的问题。...
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采用Trinotate对拼接结果进行注释一：开始之前需要准备三个东西： 第一：安装软件 1.Trinity[http://trinityrnaseq.github.io/]（用于生成拼接后的转录本fasta文件） ...
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『文献阅读』REViGO
文献：REVIGO Summarizes and Visualizes Long Lists of Gene Ontology Terms 发表年份：Received Mar...
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使用Purge_dups去冗余序列
该工具和使用purge_haplogs处理基因组杂合区域类似，但速度更快。 purge_dups能够根据read深度分析组装中haplotigs和overlaps。相对于另一...
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使用3D-DNA流程，结果不升反降怎么破？之前我写过一篇利用3D-DNA流程基于Hi-C提升基因组组装，那个时候我做的项目并不多，也没有遇到坑，直到最近我用3D-DNA流程进行基因组组装，发现结果出乎意料 在上图中，...
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基因家族扩张与收缩分析及物种进化树构建（下）最近刚返校，事情比较多，每天也很忙，之前写的《基因家族扩张与收缩分析及物种进化树构建（上）》也一直没来得及更新，缺少cafe输出结果的解读及后面的可视化。最近在简书上也收到了...
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RNA-seq(7): DEseq2筛选差异表达基因并注释(bioMart)============================================写在前面：可以参考另外一篇《得到差异基因后怎么做？[https://www.jians...
