写在前面 在scRNAseq数据中，不同细胞处在不同细胞周期，如果不进行异质性校正的话，会对结果有很大的影响。🤨常用的方法是根据经典的细胞周期基因进行评分，即cell cyc...
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🤫 Seurat | 强烈建议收藏的单细胞分析标准流程（细胞周期的影响去除）（三） -
clusterProfiler: No gene can be mapped | 怎么破？日常瞎掰 奇奇怪怪的事又发生了，真就应了那句话，不出意外的话，意外就会发生了。。。 最近需要用clusterProfiler做KEGG富集，然后就出现了意外，居然出现N...
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seurat对象中细胞identity的获取、设置与操纵
前两天遇到了一个小问题：初步注释细胞发现，使用RenameIdents后细胞类型的levels与我想要的排序不符。例如，我实际得到的level为: cancer_cell1 ...
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cellchat运行报错Cell labels cannot contain `0`
cellchat运行报错 最近在用cellchat跑细胞互作的时候遇到下面报错 原因很明显，我跑互作的细胞标签带’0‘标签，因为我用的是seurat原始分群的名称，从clus...
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R语言ggboxplot-一文掌握箱线图绘制所有细节作者：白介素2相关阅读：R语言ggplot2绘制箱线图R语言生存分析04-Cox比例风险模型诊断R语言生存分析03-Cox比例风险模型R语言生存分析-02-ggforestR...
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单细胞之轨迹分析-2：monocle2 原理解读+实操轨迹分析系列： 单细胞之轨迹分析-1：RNA velocity[https://www.jianshu.com/p/ee0f7a8e6a06] 拟时间序列分析（Pseudot...
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ROGUE：计算单细胞数据中细胞群的纯度（异质性）在非监督的单细胞数据分析中，给定细胞cluster的均一性往往是不清楚的，也就是说我们并不知道分出的一个cluster中是否是一种细胞，还是依然包含了多种细胞。因此有人提出了...
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monocle细胞轨迹追踪原理我们用seurat选取HVG来进行细胞轨迹推断，并且过滤了一些低质量的细胞 加载相应的工具包 本文的数据和预处理来源于：单细胞之轨迹分析-2：monocle2 原理解读+实操...
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NBIS系列单细胞转录组数据分析实战（五）：基因差异表达分析第五节：基因差异表达分析 在本节教程中，我们将介绍基因差异表达分析的相关知识。在单细胞数据分析中，差异表达分析可以具有多种功能，例如鉴定细胞群的标记基因，以及跨条件（健康与对...
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单细胞之富集分析-3：GO和KEGG富集分析及绘图单细胞富集分析系列： 单细胞之富集分析-1：单细胞GSEA分析流程[https://www.jianshu.com/p/00f069cb239c] 单细胞之富集分析-2：批量...
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ggplot2画tSNE（UMAP）的聚类点图（带圈带阴影）今天我们学习一点简单的，实现下面这张图 绘图： 1. 首先加载数据，然后用查看一下数据长什么样子 2. 开始画图： 首先，可以看出这张图是张点图，而x轴、y轴和点的颜色分...
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使用merge整合多组单细胞数据开始操作 第一步：准备原始测序数据 我们下载第一个：GSE106273_RAW.tar（183.5 Mb）[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/...
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seurat-ScaleData()源码解析一、ScaleData()简介 单细胞基因表达counts矩阵数据经过NormalizeData()归一化处理后，还需要进行scale标准化。ScaleData()[http...
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单细胞分析——如何确定合适的分辨率（resolution）水滴石穿，非一日之功 本期内容同时发布于单细胞天地微信公众号。 在进行单细胞分析时，非常重要的一步就是聚类分群，而在这个过程当中经常令人困惑的是如何选择一个合适的分辨率（re...
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R及R包安装、更新、卸载、删除
更新R 更新R包 更新所有R包如果用的是Rstudio，要更新library里所有包，一种方法是点击Tools，选择Check for Package Updates即可。 ...
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cell ranger分析结果详细解读
欢迎关注”生信修炼手册”! cell ranger输出结果目录结构如下所示 输出文件非常的多，为了方便查看结果，提供了一个所有结果汇总的html页面，即web_summary...
