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详细解读！利用ieu数据库进行GWAS-GWAS共定位分析通过孟德尔随机化分析，确认了两个疾病或性状的因果关联并且找到显著信号位点后，需要解释显著信号位点是如何影响这两个表型的。常见的一个解释方法是共定位分析。 共定位分析通常用于鉴...
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PheWAS(全表型组关联分析)----PheWAS实战(三)介绍完PheWAS与GWAS的概念及其对比以及PheWAS的R包后，相信大家对对PheWAS原理以及相关R包有了初步认知。下面我以我做的一个项目的数据为例跑PheWAS。 1...
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复现一篇高分(IF = 11.274)孟德尔随机化分析文章-day1
Title: Association between Human Blood Metabolome and the Risk of Alzheimer's Disease L...
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R包sva去除批次效应关于sva包 sva的用户说明：http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/sva/inst/do...
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《生物信息学生R入门教程》读书笔记 Chapter 7这一章来介绍NGS的下游分析 富集分析 简单的讲，富集分析就是一种统计分析的手段，用来筛选功能相类的一组基因是否富集中差异表达的基因中。当人们拿到了差异表达的基因时，很多时候...
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《生物信息学生R入门教程》读书笔记 Chapter 5这一章主要介绍了ATAC-seq的基本分析方法 ATAC-seq 这种测序主要用于检测全基因组的染色体开放程度的一种方法它的基本原理是用Tn5 transposase随机插入...
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《生物信息学生R入门教程》读书笔记 Chapter 3这一章主要是介绍RNA-seq的基本知识，以及简单的差异分析 RNA-seq 我们分析RNA-seq数据的时候，往往按照线图的步骤进行分析 欧老师在书中就RNA-seq是否去...
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《生物信息学生R入门教程》读书笔记 Chapter 1
前言 最近在阅读欧剑虹老师《生物信息学生R入门教程》非常适合于刚入手NGS的初学者使用，这里我仅做我个人的读书笔记使用本书分为八个章节：1.R/Bioconductor简介 ...
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处理NGS的新神器systemPipeR首先附上软件链接：https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/systemPipeR.htmlhttp:/...
