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DESeq2中的似然比检验(LRT)前言 DESeq2的LRT又称之为似然比检验，用于检验跨两个以上组别评估表达变化，比方说以多个时间点作为分组， 似然比检验简介 似然比检验是用于...
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DESeq2三种标准化的区别
count标准化 我们构建dds对象以后，可以计算每个文库的标准化因子，那么count函数加normalized=TRUE意味着每一列的基因除以...
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HTseq计数遇到基因注释只有CDS怎么办HTseq参数 在HTseq count计数的时候，有一个 -t 参数，后面如果跟着 exon（外显子），那么就是对外显子进行计数，如果跟int...
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理解DESeq2的标准化步骤总结 DESeq2的标准化步骤分为：1.计算标准化因子；2.计算dispersion；3.拟合dispersion曲线 ；4.shrink到曲线...
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annovar对非模式生物建库注释annovar简介 在我们做重测序，或者比较基因组学分析的时候，我们往往在call snp或者indel的时候，需要对我们的变异位点进行注释，而...
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基因功能富集shiny
最近看Y叔的推送这个大神做了个shiny，某某某某某特用户：sangram_ksahu 我们可以看到，这个功能还是比较强大的，支持1700+物种...
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GDCRNATools简介
简介 这是2018年发表在bioinformatics上的R包。文章地址：https://academic.oup.com/bioinforma...
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DESeq双因素交互项
DESeq DESeq这款软件是怎样将基因表达谱与设计矩阵联系起来的呢？是通过广义线性模型建立的 那么,Y表示不同因素影响下的基因表达谱，Xn即...
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DESeq双因素差异分析单因素差异分析 对于DESeq来说，常用的单因素的差异分析已经比较多了， 一般来说，对于基因的表达矩阵，放在前面的为对照组，后面的为处理组，所以...
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