文章：Roary: rapid large-scale prokaryote pan genome analysis. bioinformatics 2015引用：1780G...
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Roary分析泛基因组 -
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基于Roary构建泛基因组记录安装软件 创建环境 运行 NCBI下载{genome}.gbff格式的测试数据 gbff转gff格式 生成泛基因组 DeBUG !!!运行中如果有关于Perl脚本的报错，例如...
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全网同名
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生信log9|(MacOS)记core-pan泛基因计算工具Roary安装的一个大坑(Perl)&&解决办法前言背景前段时间重装系统Anaconda全没了，重装了之后就没咋管过，直到最近要用到Roary，conda config中只有defaults这个源。Roary是一个由per...
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2023-09-12Prokka and Roary在这个演示中，我们将探索如何从一组分离的基因组序列中快速确定泛基因组。这个演示依赖于两个软件，Prokka和Roary，所以如果你最终发表了用这些工具获得的结果，请记住引用它...
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在写了（行数1，字数0）。
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利用泛基因组挖掘目标细菌的靶标基因-Roary,gbksplit和TBtools准备 1.基因组序列下载与注释，使用prokka进行注释，获得gff文件。参考我前一篇：autoprokka:使用prokka批量注释 - 简书 (jianshu.com)[...
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基于OrthoFinder的结果提取直系同源单拷贝基因建树0.运行Orthofinder略 1.建树 https://github.com/yongzhiyang2012/Two_iron_wood_genome_analysis/...
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比较基因组学（微）的一些文章和流程1：2019:Whole Genome Sequencing and Comparative Genomics Analyses of Pandoraea sp. XY-2,...
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基因组共线用Mauve文献信息标题：Mauve: multiple alignment of conserved genomic sequence with rearrangements[http...
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运维老兵
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【shell之awk、sed、seq、grep、tr文本命令汇总】
转载来源：https://github.com/liquanzhou/ops_doc/blob/master/shell%E5%AE%9E%E4%BE%8B%E6%89%8B...
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Orthofinder 2.3Homolog是同源基因。 Orthologs,Orthologues 直系同源，是指不同物种之间的基因，起源于共同的祖先，基因功能可能一样，但又因为进化的关系，使得功能有...
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菜鸡
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比较基因组分析—OrthoVenn和OrthoFinder的使用OrthoVenn2 OrthoVenn2是一个网页版的基因家族聚类工具，它基于OrthoMCL。选择要分析的物种，也可上传蛋白序列 分析结果 OrthoFinder 将多个...
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教程 | [下篇] 规模化物种同源基因分析 - orthofinder写在前面 两个月前，我推送了一个师妹的投稿，介绍了orthofinder软件的应用场景和具体安装，属于上篇。有上便有下，评论区和后台看到不少朋友在催更下篇。今天即推出，主要内...
