什么是iqtree？ iqtree是一款构建进化树的软件，类似于phyml，raxml。文章地址：W-IQ-TREE: a fast online phylogenetic ...
IP属地：吉林
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IQTREE 使用记录
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高速！大规模 (10w+) 基因对 Ka/Ks 计算工具 - TBtools写在前面 目前还是在继续整一些擦边“比较基因组”的工具。前段时间停下来，原因只有一个：我发现 TBtools 的Simple Ka/Ks Calculator 速度确实不够快...
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DNA甲基化数据分析(一)Hi,大家好。最近在帮师姐分析甲基化，顺便就把甲基化分析过程整理一下。我们先来看看什么是DNA甲基化。DNA甲基化（DNA methylation）为DNA化学修饰的一种形式...
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Bismark软件使用入门
作者：马可菠萝 童蒙编辑：angelica 一、甲基化文库建库原理 借助重亚硫酸盐（Bisulfite）转换的方法被认为是金标准，该化学试剂会将未甲基化的C进行转化，胞嘧啶（...
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使用DEseq2计算FPKM后计算TPM
使用DEseq2对RNA-seq数据进行分析，并计算FPKM和TPM。 该过程使用GenomicFeatures包获取外显子长度，并计算非重叠外显子长度之和作为基因长度。选取...
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ChromHMM——组蛋白修饰知多少
作者：Jenny审稿：童蒙编辑：amethyst ChromHMM是2012年由来自麻省理工学院布罗德研究所和美国马萨诸塞州剑桥市哈佛大学Jason Ernst和Manoli...
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MSKCC Research Associate<br>别赶不上野心，又辜负了努力
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你好，我想请问一下，hkind在实际操作中怎么取得呢？是根据双向同源比对吗？看了文章和R 包的手册，没有明白😢
跨物种RNA-seq标准化和差异表达R代码剖析
前言 前文跨物种RNA-seq标准化及差异表达[https://www.jianshu.com/p/1263612250cc]介绍了跨物种标准化的方法，这次我们研究下其对应的...
