南京大学生物学，佛系更新~
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学习记录1：同线性(Synteny)和共线性(Collinearity)文章仅是记录自己的学习使用，有错误请指出，我立刻改正！ 更多参考：https://shengxin.ren/question/541[https://shengxin.ren...
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「基因组」基因组分析之鉴定基因类型基因类型鉴定 基因组的组装和注释完成，得到配套的基因组和注释文件之后，可以利用gffread软件提取对应的gene的cds，pep序列。应运而生，下游的生信或者实验想知道关注...
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非模式生物GO、KEGG富集分析GO、KEGG富集分析是我们做生信分析较为常用的部分，它可以将基因与功能相联系起来。GO指的是Gene Ontology，是基因功能国际标准分类体系。目的在于建立一个适用于各...
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python干货：如何使用Python对音频进行特征提取？写在前面 因为喜欢玩儿音乐游戏，所以打算研究一下如何用深度学习的模型生成音游的谱面。这篇文章主要目的是介绍或者总结一些音频的知识和代码。 恩。如果没玩儿过的话，音乐游戏大概是...
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随笔 | 给自己鼓舞
尽管忧虑重重，有些事情一直还在尝试解决。而我们早已做好全部打算。 晚间，从西园打包了两份饭，回到宿舍，与吴老师一起吃饭，顺便看了一下最近比较火的一个什么电视剧。 事实上，我很...
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GFAP---pfam_go_kegg模块后来发现，即便努力实现了各科代表物种的注释，但在某些情况下还是直接注释可能更方便些。于是对GFAP添加了一个新的模块，该模块直接用pfam, GO, KEGG官网数据进行注释...
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用以判断选择压力的Ka/Ks的计算前言 最近在看一些关于生态、遗传、基因组进化等的文献，其中有个很多人用的也用了很久的用以判断物种选择压力的数值，（Ka/Ks）。发现在国内的资料中比较少，即使有，也只是教大家...
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用clusterProfile进行非模式物种且没有参考基因组的GO和KEGG富集分析
新组装的基因组并没有上传和生成RefSeq基因组信息。而且一系列需要or.db或者构建or.db的步骤尝试构建数据库都不成功，要么缺乏物种信息，要么缺乏gene symbol...
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罗素和王小波的两句话
罗素说： “一个明智地追求快乐的人，除了培养生活赖以支撑的主要兴趣之外，总得设法培养其他许多闲情逸致。” 王小波说: 一个人拥有此生此世是不够的，还应拥有诗意的世界。
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蛋白质组学知识背景及分析流程蛋白质组知识背景 蛋白质组(proteome)：由一个细胞、一个组织或一个机体的基因组所表达的全部相应的蛋白质，是一个整体的概念。 蛋白质组学(proteomics)：以蛋白...
