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circos绘图，基因密度及GC含量的计算Circos是一种基因组可视化工具，可以用来绘制基因密度和GC含量的图。 计算基因密度可以通过统计基因的数量来实现。可以使用基因注释数据库（如Ensembl、NCBI等）中提...
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如何简单快速地完成一次GO富集分析1 概述 GO (Gene Ontology) 富集分析是最常见的生信分析需求之一，与之类似的还有KEGG通路富集分析、基因家族分析等等，这里我们直奔主题，给大家分享一些常用...
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没有root权限怎么办捏
3D genome builder--根据hic数据和ChIP数据预测基因组3D模型
一开始觉得用hic数据预测基因组3D结构还是挺有趣的，但是用了几个软件反反复复折腾效果并不好，快失去耐心了。偶然间看见一篇新的文献，觉得正是我所需要的. 安装这个软件所用的依...
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3D genome builder--根据hic数据和ChIP数据预测基因组3D模型一开始觉得用hic数据预测基因组3D结构还是挺有趣的，但是用了几个软件反反复复折腾效果并不好，快失去耐心了。偶然间看见一篇新的文献，觉得正是我所需要的. 安装这个软件所用的依...
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可以试试mamba 快好多
day43 失败：conda卡顿无法install 怎么办
使用学校服务器安装软件失败为什么会卡顿？明明昨天上午还能用conda install安装，下午在安装htseq的时候，突然就不能用了。conda install htseq之...
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基因组装 | hifiasm 输出结果文件细究基因组组装这块我看的不是很多，尽管也看过一些资料，跟朋友也讨论过。但仍然感觉理解不够深入。索性，自己直接肉眼看看，或许更为实在。 hifiasm 输出结果有哪些？ 一般来说，...
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IGV-GSAman | 极大提高「功能基因组学」研究效率的基因组浏览器写在前面 今天周末，转眼10月份只剩一周。万万没想到，一个月下去，我还是花了不少时间在完善「GSAman」。至于为什么本来「两个小时」就干完的事情，可以干成「22天」？到底还...
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【Linux】Linxu CPU状态信息us,sy,ni,id,wa,hi,si,st分别是什么含义？我们使用系统命令top即可看到如下类似信息： Cpu(s): 0.0%us, 0.5%sy, 0.0%ni, 99.5%id, 0.0%wa, 0.0%hi, 0...
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玩转 Python 之 psutil 模块
前言 来啦老铁！ 许久不见，最近没有比较大的东西要记录，今天就简单学个 Python 的模块吧，他就是： psutil 本文主要来源网络文章：https://zhuanlan...
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saddleplot | A/B compartments日常瞎掰 HiC-seq可以用来研究基因组范围内的染色体片段之间的交互情况，这其中会涉及到染色质区室(A/B compartments)的变化情况。HiC的相关概念这里不...
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rnanorm | 一行命令搞定RNA-seq标准化日常瞎掰 目前，普通RNA-seq测序已经成为科研中一件非常稀松平常的事，这也是得益于其物美价廉的基础。虽然已经有不少成熟的RNA-seq分析流程存在，但并没有形成一个统...
