生信小白一枚，<br><br>有问题可以私信我，<br><br>谢谢。
发简信
IP属地：广西
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比较基因组学习
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一些群体遗传学中常用的群体大小历史动态评估方法
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质控，组装，预测，注释，比较，进化一条龙
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老师还有一个问题是跑CalGTProb是先把3.2的跑了生成的network和跑3.2的geneTree（保留支长等数据）作为输入文件去跑吗？
PhyloNet构建网状系统进化树
发表文章：PhyloNet: a software package for analyzing and reconstructing reticulate evolution...
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老师 您好 感谢您的分享，我使用了phylonet检测杂交，看文献上面最后的出图上面都会有数值，但是不知道这个数值是怎么弄上去的，请问这个是::”及其后的数字后手动标注的吗
PhyloNet构建网状系统进化树
发表文章：PhyloNet: a software package for analyzing and reconstructing reticulate evolution...
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请教博主老师 我用转录组数据做发育分析，用cdhit去冗余，然后TransDecoder预测之后，到orthofinder这一步中间需要什么方法，将TransDecoder的输出文件转为orthofinder识别文件吗？
基因家族扩张与收缩分析及物种进化树构建（上）
一、数据准备 首先，选取不同物种的Protein数据集：Arabidopsis_thaliana.fa；Citrus_grandis.fa；Dimocarpus_longan...
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老师 请问TransDecoder之后是OtherFinder寻找基因建树吗？TransDecoder的那些文件用于输入呀？
转录组重建系统发育（四）使用cdhit去冗余和使用transdecoder进行ORF预测
1.cd-hit的安装和使用 cd-hit 是用于蛋白质序列或核酸序列聚类的工具，根据序列的相似度对序列进行聚类以去除冗余的序列，一般用于构建非冗余的数据集用于后续的实验分析...
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请问老师 phytools祖先性状重建离散或者连续性状 某个物种缺失那个数据怎么处理呀？
祖先状态重建—揭示物种性状的起源与演化
我觉得处理任何事情，不仅要做到“知其然”，还要做到“知其所以然”。在做事情时，如果仅知道低头蛮干，不知道抬头看路；只知道跟着“牵牛绳”的方向，在鞭子的抽打下前进或停止，那么最...
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好的 谢谢老师
转录组重建系统发育（二）使用Trinity对cleandata进行组装
在处理完rawdata（参考上一文章）转录组重建系统发育（一）使用fastp多rawdata进行处理[https://www.jianshu.com/p/720ae2c45e...
