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使用BAMM估算分化速率BAMM(Bayesian Analysis of Macroevolutionary Mixtures)是一种根据系统发生树对物种形成、灭绝和...
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trimal的使用
之前使用gblocks裁剪比对序列，感觉裁剪的不是很智能，大量可能有用的序列被裁剪掉，所以尝试使用trimal。 1.下载安装 在自己目录下输入...
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转录组重建系统发育（四）使用cdhit去冗余和使用transdecoder进行ORF预测
1.cd-hit的安装和使用 cd-hit 是用于蛋白质序列或核酸序列聚类的工具，根据序列的相似度对序列进行聚类以去除冗余的序列，一般用于构建非...
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转录组重建系统发育（三）使用minimap2过滤掉序列中的叶绿体和线粒体基因
使用conda安装minimap2，并在NCBI上下载一些与你目标物种相近物种的叶绿体和线粒体基因组。minimap2的使用非常简单，直接用叶绿...
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转录组重建系统发育（二）使用Trinity对cleandata进行组装在处理完rawdata（参考上一文章）转录组重建系统发育（一）使用fastp多rawdata进行处理[https://www.jianshu.c...
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转录组重建系统发育（一）使用fastp多rawdata进行处理rawdata可以是从公司直接获得的测序数据或者是网上下载的数据，网上下载数据的流程参考使用SRA Toolkit下载NCBI-SRA原始数据[...
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