请教一下，N50结果偏低，conig数量很多，-D 与-N设置成多少合适。
IP属地：香港
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群体遗传学与重测序分析分子层面对生物的研究，在个体水平上主要是看单个基因的变化以及全转录本的变化（RNA-seq）；在对个体的研究的基础上，开始了群体水平的研究。如果说常规的遗传学主要的研究对象是...
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maker基因组注释一（基础篇）在基因组注释上，MAKER算是一个很强大的分析流程。能够识别重复序列，将EST和蛋白序列比对到基因组，进行从头预测，并在最后整合这三个结果保证结果的可靠性。此外，MAKER还...
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连锁不平衡（LD）分析1.连锁不平衡（LD）概念 连锁不平衡（LD）是指不同位点等位基因的非随机关联。LD 的衰减是受重组率和重组代数影响的，研究 LD 的衰减可以揭示群体重组的历史。 假如位于同...
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基础知识——连锁不平衡 Linkage disequilibrium (LD)一、概念 连锁不平衡是指,在某一群体中，分属两个或两个以上基因座的等位基因同时出现在一条染色体上的几率，高于随机出现的频率。连锁不平衡是等位基因或者遗传标记在一个种群中表现出...
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共线性分析 | MCscan (Python version JCVI 包)共线性分析可以很好地解释进化关系和多倍化事件。今天主要测试的是Python版McScan（jcvi工具包），这个包很强大，是从MCScanx升级而来的基因组共线性分析软件。 ...
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平凡的生信之路<br>HUBU<br>UCAS<br>NUS<br>PKU
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WSL安装及配置图形界面
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【比较基因组】共线性分析（JCVI）比较基因组学中，共线性的分析的图无疑是很漂亮的。 共线性分析可以很好地解释进化关系和多倍化事件。上一篇介绍了怎么利用MCScanX来做共线性分析，虽然后面有java的包来支持...
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比较基因组学之共线性工具JCVI安装及使用比较基因组学之共线性工具JCVI安装及使用 jcvi及依赖的安装 $ conda create -n jcvi -c bioconda -c conda-forge jcvi...
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海洋哺乳动物的适应性进化文章信息 题目：Comparative genomics provides insights into the aquatic adaptations of mammals ...
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根据vcf文件计算SNP密度并用circlize可视化结果参考 收集vcftools所有用法 命令 100000 是指定窗口长度--out 是输出文件的前缀 使用R语言中的circlize包画图 参考 用circlize包绘制cir...
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学习笔记：GATK call snp需要的数据文件：ref.fa test_1.fq test_2.fq 测序数据质控（具体方法另做总结），由原始测序文件raw_reads.fq得到可以进一步分析的clean_...
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「GATK 4」如何提高HaplotyperCaller的效率GATK的HaplotypeCaller 应该是目前最常用的变异检测软件，尤其是在人类基因组上。不过HaplotypeCaller的速度相对于其他软件，例如bcftools,...
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2021《Nature Communications》麂属动物染色体融合的分子机制及其三维基因组构象的演化2021年11月25日，Nature Communications在线发表了西北工业大学生态环境学院联合中科院动物研究所等合作完成的题为“Molecular mechanis...
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SNPs calling流程（GATK4）
SNPs marker是全基因组范围应用广泛的分子标记，本文介绍生态基因组学中利用GATK4软件进行SNPs calling的流程（人的研究中可能略有不同）。以下所有分析过程...
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重测序分析（4）使用GATK进行SNP和INDEL检测使用GATK进行SNP和INDEL检测GATK是 Broad 开发的用于测序数据的变异检测软件，后续推广到动植物研究中，是目前最广泛使用的变异检测软件。GATK有两种方式变异...
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重测序分析（3）比对到参考基因组
将经过过滤后得到的高质量数据比对到参考基因组上，并进行排序和去重复等处理，用于后续的变异检测。 软件准备 bwasamtoolspicard 文件准备 参考基因组：genom...
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GATK4变异检测（bwa+samtools+Picard+GATK）一.软件下载安装 🔸bwa：https://github.com/lh3/bwa[https://github.com/lh3/bwa]安装及命令详解参考：http://st...
