--glyphstyle=GLYPHSTYLE，我用该参数的时候，绘制微观共线性图，但是发现他无法根据bed提供的绘制方向箭头，最后一条染色体上的所有的基因都是朝一个方向一个染色体，这是为什么，有人知道可以回答一下吗
MCscan踩坑记录最近在帮忙做一个大文章，用到这个神奇的软件，做个踩坑记录。 软件是由大拿唐海宝老师写的。ps: 见过唐老师本人，高高帅帅的，说话又好听，要被迷倒了(/ω＼) 咳咳，言归正传。...
IP属地：河南
-
-
Eggnog-mapper（2.1.7）使用记录官方说明：https://github.com/eggnogdb/eggnog-mapper/wiki/eggNOG-mapper-v2.1.5-to-v2.1.8#v218...
-
用PLAM下的mcmctree做分歧时间估计
用mcmctree做分歧时间估计的时候遇到报错： 问题是序列不符合phylip格式，每个名字没有区分开 1.使用以下命令行将orthofinder处理好的多序列比对结果，fa...
-
2021-01-05重测序数据call SNP 流程
bwa+samtools+picardtools+GATK call SNP 流程[https://www.jianshu.com/p/938d362fc48d]如何利用重测...
-
2022-04-14两个基因组间鉴定结果SV和SNP变异
###01.序列比对 nohup nucmer --mum -c 100 -l 50 -g 1000 -t 12 $ref $qry &> step1.log & #--mi...
-
Syri：基于组装基因组的变异检测1.安装Syri GitHub页面：https://github.com/schneebergerlab/syri[https://github.com/schneeberg...
-
质控，组装，预测，注释，比较，进化一条龙
-
生物信息编程
-
重测序分析（4）使用GATK进行SNP和INDEL检测使用GATK进行SNP和INDEL检测GATK是 Broad 开发的用于测序数据的变异检测软件，后续推广到动植物研究中，是目前最广泛使用的变异检测软件。GATK有两种方式变异...
-
检测snp和InDel的工具：snippy~可用于检测两条fasta序列之间的变异生成vcf格式文件这个软件的github主页 https://github.com/tseemann/snippy[https://github.com/tseemann/snippy] 我是...
-
礼貌求问🐥绘图修改纸张大小应该怎么做
基因组共线性分析-JCVI
由于忙课题的原因，断更了好久，虽然断更的时间内学习到了很多东西，但细想一下还是记录在自己博客里比较好，方便自己查阅也方便其他人学习 JCVI这个软件网上有太多教程，再记录一次...
-
LD连锁不平衡--PopLDdecay在群体遗传学分析中，我们经常会碰到关于连锁不平衡的问题，当然计算连锁不平衡的软件有很多，包括plink2、haploview等，今天在这里给大家分享一个计算连锁不平衡的软件-...
-
生成用于circos的基因密度文件的python脚本
最近在做circos图，由于我的重复序列的gff文件不是标准格式，无法用软件生成，只好自己写一个python脚本，本脚本可处理各种类似gff格式的文件，转化为适用于circo...
-
TBtools | 全基因组 - 基因密度统计，充实你的图片摘要 两张图总结本文，以方便大家确定是否还有看下去的兴趣 写在前面 Emmm... 今天开放一个旧功能，全基因组基因密度统计。虽然是早前就写好的，但我一直没开放，主要是考虑到...
-
学习R语言绘图，一个网站就够了
很多人想学习R语言绘图，最好的办法就是多进行操作，这里有一个非常好的网站，里面汇集了大量R语言的绘图代码，只需将这些代码复制下来多去操作就会有很好的收获。r-graph-ga...
-
R入门1 R入门与基础绘图系统学习笔记我的R学习领路人是北大生信在读博士孟浩巍，学习R是从参加他的知乎live课程《R入门与基础绘图系统》开始的，从第一次讲座时间到现在虽然才过去不到一周，但我已经可以把R当做一个...
-
SNP在染色体上的密度分布图有两种方法，先看比较简单的一种： 结果： 第二种方法就比较复杂了，需要准备两个文件：一个是包含染色体长度的文件chr_length.txt，格式如下： 一个是包含各个基...
