发简信
IP属地：上海
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您好，您的文章写的太好了，小白想请教几个问题。
1、如果我研究的物种是其他植物，是不是需要用拟南芥的基因组和拟南芥的motif数据库分析footprintcorrect.bed文件，然后找到拟南芥中的TF，再提取序列比对我的基因组找到目标TF。
2、如果一个样有5个生物学重复，应该是需要merge，请问是在哪一步做merge比较合适？
谢谢大佬的帮助！生信分析7：如何利用ATAC-seq数据鉴定转录因子活性
前一篇推送解读了2022年发表在DC上的关于拟南芥再生的文章。文章种利用TOBIAS鉴定了转录因子的活性。本次推送将介绍这款软件的原理及使用。 TOBIAS——2020NC ...
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生信分析7：如何利用ATAC-seq数据鉴定转录因子活性前一篇推送解读了2022年发表在DC上的关于拟南芥再生的文章。文章种利用TOBIAS鉴定了转录因子的活性。本次推送将介绍这款软件的原理及使用。 TOBIAS——2020NC ...
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TMHMM 2.0--蛋白质的跨膜结构域预测如何预测一个蛋白是否具有跨膜螺旋（TMH）？ 蛋白结构决定蛋白功能，利用生物学在线软件工具TMHMM Server,v.2.0版本是蛋白质跨膜螺旋的在线分析工具。TMHMM是...
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关于测序数据大小问题
基本概念 我们一般说的测序数据，比方说 6G 的测序数据，这个G代表的是 Gbase，而非文件大小 GB（gigabyte)Gbase 代表的是碱基数量，即测序文件（A,T,...
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分子生物学实验常用抗生素的配制抗生素(antibiotics)是一类由微生物或其他生物生命活动过程中合成的次级代谢产物或其人工衍生物，他们在很低浓度时就能抑制或干扰他种生物（包括病原菌，病毒，癌细胞等）的...
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在热图中画的相关基因趋势线我们在做差异表达聚类的时候，往往会根据表达谱用相关R包画聚类情况，聚类图很漂亮，但是如果我想看 Q型聚类里面相关基因在各样本之间的表达趋势变化怎么办。这里教你一招： step...
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单细胞RNA-seq去除批次效应这是一篇2018年发表在NBT上的文章，讲述的是两套单细胞数据如何去除批次效应 文章链接： 前言 由于不同的实验室，以及各个技术人员手法不同，在测单细胞RNA-seq的时候往...
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分析时间序列的RNA-seq tool简介 maSigPro，这是一款可以综合分析时间序列RNA-seq的工具。这款工具最初由Conesa等人于2006年开发，于2014年经Nueda等人进一步优化而得到的 那么...
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搞科研，什么都不配，进了实验室我就是王，出了实验室就是舔🐶一枚，经受着社会在身上不断的摩擦，反抗不了，只能学着享受。
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徐洲更居然和王佳伟一个课题组，八卦消息+1
国内第一篇植物单细胞测序
之前关注王佳伟在植物发育阶段转变过程中调控机制的研究，洲更在生信界也是大名顶顶，不知道他们是一个课题组的。用到的统计方法有：t-SNE和UMAP算法，伪时间（pseudo-t...
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国内第一篇植物单细胞测序
之前关注王佳伟在植物发育阶段转变过程中调控机制的研究，洲更在生信界也是大名顶顶，不知道他们是一个课题组的。用到的统计方法有：t-SNE和UMAP算法，伪时间（pseudo-t...
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pheatmap热图技巧合集突然间发现，我一做热图就用pheatmap几乎不存在第二个选项了。是时候跑一遍pheatmap的demo了. Examples scale是一个值得注意的参数，它旨在说明你想...
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笔记：rmats绘图结果怎么看rmats是一款比较好的分析可变剪切的分析软件，将rmats分析的结果，利用rmats2sashimiplot绘画出的图也是比较漂亮的， 可变剪切事件： 可变剪切事件可以分为...
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你好，最近在学做可变剪切分析，想用SUPPA2对转录组数据进行可变剪切分析，包括剪切类型、定量
差异剪切筛选等，第一步中输入GTF文件，是基于基因注释结果指认可变剪切？没有转录本只用基因组数据就嫩指认吗？第二部中的expression-file是转录组表达量文件吗？local AS指那一部分AS呢？SUPPA2检测差异可变剪切
SUPPA2原理 假设我们已经了解了可变剪切类型:传送门[https://www.jianshu.com/p/9c0f837fcab4]，那么我们有许多检测可变剪切的软件，比...
