IP属地：宁夏
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我也这个报错，找到原因了么
使用GEMMA进行复杂性状全基因组关联分析(GWAS)
GEMMA（Genome-wide Efficient Mixed Model Association algorithm）是一款基于混合线性模型的GWAS分析软件（文献信息...
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改成染色体数字格式试试
使用GEMMA进行复杂性状全基因组关联分析(GWAS)
GEMMA（Genome-wide Efficient Mixed Model Association algorithm）是一款基于混合线性模型的GWAS分析软件（文献信息...
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重测序分析（9）群体进化分析之构建进化树1.进化树的概念 系统发育或系统发育树，是物种间、基因间、群体间乃至个体间谱系关系的一种表现形式。Node:分支的连接点或者分枝的尖端都称为节点。内部节点连接分枝，外部节点代...
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跟着Nature Genetics学数据分析~SNP数据计算距离矩阵然后构建NJ树最近在看论文 Phased diploid genome assemblies and pan-genomes provide insights into the genet...
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问下楼主我的染色体是A1-A13，D1-D13，在构建遗传矩阵的时候报错（Line 1 of [Gh_gene.bim] contains illegal chr number, please check
An error occurs, please check the options or data）GWAS | 3. 群体结构之PCA主成分分析
前期准备 给标记加上ID SNP data通常都是以VCF格式文件呈现，拿到VCF文件的第一件事情就是添加各个SNP位点的ID。先看一下最开始生成的VCF文件： 可以看到，I...
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问一下群主，在进行PCA之前，不构建SNP标记遗传矩阵么
6. GWAS：主成分分析——GCTA
利用协方差矩阵，特征值和特征向量将高纬变量投影到数个低维变量的过程； PCA分析的过程就是从千万级别的SNP位点中提取关键信息，以便使用更少的变量就可以对样本进行有效的刻画和...
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个人记录而已，不盈利，不保证对错，不回简信
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GWAS数据分析
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收集整理代谢组学方面的资料
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微信公众号番茄随笔
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“对称散点图”的绘制（R语言）
R语言绘制基因表达基因的“对称散点图 转录组分析中，计算了两组间差异表达的基因后，通常怎样表示？您可能第一时间想到可以使用火山图。的确，火山图是使用频率最多的，在火山图中可...
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关注：生物统计，数量遗传，混合线性模型，生物信息，R，Perl，Python，GWAS，GS相关方法，文章及代码<br>
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