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博主，可以请问一下输出的结果该怎么解读啊？

Hi-C数据分辨率的计算

我们经常困惑于多少的Hi-C数据才可以满足分析的要求，一般认为分析A/B compartment 至少需要达到100kb的分辨率，TADs至少需要达到40kb分辨率，loo...

小猪猪的大白菜

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HiCExplorer[https://hicexplorer.readthedocs.io/en/latest/index.html] 1、数据比对bowtie2 注意：1...

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博主你好，请问如何才可以采用自己的基因组进行hic数据的可视化？

【三维基因组】多组学可视化之washU

说到三维基因组可视化，就不得不说一下washU（http://epigenomegateway.wustl.edu/）了。washU相当于IGV的升级版，一向被三维基因组CN...

XuningFan

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@寒山梦绮 好的，谢谢博主。那个博主我可以再请问一下吗？我看您用了两个数据，用两个hic数据进行对比得到的最终结果，那么只用一个数据可以吗？这最终得到的结果是chromatin loop 吗？

homer 处理HiC-pro的结果

写在前面，得到HiC-pro的结果后，我们想看看显著的互作区域以及两个样本互作区域的不同. 关注正常染色体 比较不同实验组数据大小，如果相差比较大，利用shuf随机提取等量数...

寒山梦绮

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博主您好，请问您处理的awk -F "\t" '{if ($2!="chloroplast" && $2!="mitochondria" && $2!~ "^ctg" && $5!~ "^ctg" && $5!="chloroplast" && $5!="mitochondria") {print $0}}' hic-pro8result > result_noChrCM.homer 这个里面的hic-pro8results 是 hic-pro输出结果中的 .allValidPairs 吗？

homer 处理HiC-pro的结果

写在前面，得到HiC-pro的结果后，我们想看看显著的互作区域以及两个样本互作区域的不同. 关注正常染色体 比较不同实验组数据大小，如果相差比较大，利用shuf随机提取等量数...

寒山梦绮

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博主您好，那个我使用这样的命令
perl /home/dingyuanhao/zxl_software/homer/bin/loadGenome.pl -name cocos -org null -fasta /home/dingyuanhao/zxl_work/HainanH/cocos_nucifera_dwarf.genome.fa -gtf /home/dingyuanhao/zxl_work/HainanH/homer/cocos_nucifera_dwarf.gtf -assignGenomeAnnotation /home/dingyuanhao/zxl_software/homer/bin/assignGenomeAnnotation -parseGTF /home/dingyuanhao/zxl_software/homer/bin/parseGTF.pl -force
但是总是出现
sh: parseGTF.pl: command not found
sh: parseGTF.pl: command not found
sh: parseGTF.pl: command not found
sh: parseGTF.pl: command not found
sh: assignGenomeAnnotation: command not found
这样的报错是为什么啊？

AB区室计算【juicer/homer】

Tips： 目前主流的计算AB区室工具: juicer/homer/cworld juicer: 第一篇HiC文章实验室提供的工具,计算多个分辨率每个bin的PC1 值，但是...

caokai001

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Tips： 目前主流的计算AB区室工具: juicer/homer/cworld juicer: 第一篇HiC文章实验室提供的工具,计算多个分辨率每个bin的PC1 值，但是...

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博主您好，请问如果采用别人没有做过的物种，没有现成的gff注释文件，是否就是需要自己根据近缘物种构建新的注释文件？

AB区室计算【juicer/homer】

Tips： 目前主流的计算AB区室工具: juicer/homer/cworld juicer: 第一篇HiC文章实验室提供的工具,计算多个分辨率每个bin的PC1 值，但是...

caokai001

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@印痕 但是我有一个merge-stats.jar

Hic-pro的结果文件转化为.hic文件，在juicebox中实现可视化

hic数据经过Hic-pro处理后，会生成allvalidpairs文件，这是所有有效配对的文件。一般想要可视化的话，比较复杂。这时我们就可以把它转化为.hic文件，放到ju...

哈哈哈_很高兴

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@物_7f15 那个为啥我的同样路径下只有juicer_tools 却没有juicer_tools.jar 兄弟可以解答一下吗？

Hic-pro的结果文件转化为.hic文件，在juicebox中实现可视化

hic数据经过Hic-pro处理后，会生成allvalidpairs文件，这是所有有效配对的文件。一般想要可视化的话，比较复杂。这时我们就可以把它转化为.hic文件，放到ju...

哈哈哈_很高兴

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那个，可以请问一下在哪可以找到juicer_tools.jar —— 我从github上面git clone https://github.com/jbx-protocol/juicetool.git 这个软件之后找不到 juicer_tool.jar

Hic-pro的结果文件转化为.hic文件，在juicebox中实现可视化

hic数据经过Hic-pro处理后，会生成allvalidpairs文件，这是所有有效配对的文件。一般想要可视化的话，比较复杂。这时我们就可以把它转化为.hic文件，放到ju...

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请问博主，如何解读centromics中的文件啊。是直接提取文件中peak_value 到sum_value，最小到最大的地方吗？

「基因组」着丝粒和端粒鉴定软件

最近状态不佳，连续两件事情做的时候只想到了一半，做了又等于没做，都成了自己预想的最差的结果，要想做到最佳，只有重做，现在浪费时间结果不合适等于白做。一心多用，今天白搞一下午，...

溪溪溪溪溪川

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Traceback (most recent call last):
File "/home/master_dingyuanhao/miniconda3/envs/hsc/bin/centromics", line 33, in <module>
sys.exit(load_entry_point('Centromics==0.3', 'console_scripts', 'centromics')())
File "/home/master_dingyuanhao/miniconda3/envs/hsc/bin/centromics", line 25, in importlib_load_entry_point
return next(matches).load()
File "/home/master_dingyuanhao/miniconda3/envs/hsc/lib/python3.10/importlib/metadata/__init__.py", line 171, in load
module = import_module(match.group('module'))
File "/home/master_dingyuanhao/miniconda3/envs/hsc/lib/python3.10/importlib/__init__.py", line 126, in import_module
return _bootstrap._gcd_import(name[level:], package, level)
File "<frozen importlib._bootstrap>", line 1050, in _gcd_import
File "<frozen importlib._bootstrap>", line 1027, in _find_and_load
File "<frozen importlib._bootstrap>", line 1006, in _find_and_load_unlocked
File "<frozen importlib._bootstrap>", line 688, in _load_unlocked
File "<frozen importlib._bootstrap_external>", line 883, in exec_module
File "<frozen importlib._bootstrap>", line 241, in _call_with_frames_removed
File "/home/master_dingyuanhao/miniconda3/envs/hsc/lib/python3.10/site-packages/Centromics-0.3-py3.10.egg/Centromics/pipe.py", line 7, in <module>
from REPcluster.Mcl import MclGroup
ModuleNotFoundError: No module named 'REPcluster'
请问博主出现这样的错误是为啥啊？按照github上面的步骤去安装这个软件，然后说有东西是没有的，也搜索不到，请问该怎么解决啊？

「基因组」着丝粒和端粒鉴定软件

最近状态不佳，连续两件事情做的时候只想到了一半，做了又等于没做，都成了自己预想的最差的结果，要想做到最佳，只有重做，现在浪费时间结果不合适等于白做。一心多用，今天白搞一下午，...

溪溪溪溪溪川

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最近状态不佳，连续两件事情做的时候只想到了一半，做了又等于没做，都成了自己预想的最差的结果，要想做到最佳，只有重做，现在浪费时间结果不合适等于白做。一心多用，今天白搞一下午，...

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@GenomeStudy 好的，谢谢博主麻烦啦。使用该软件得到的着丝粒区域的best文件，但是还是不确定怎么提取，博主可以配合图片说明一下吗？

quarTeT:Telomere-to-telomere Toolkit(一款多功能软件。)

功能 参考引导的基因组组装 1.AssemblyMapper: reference-guided genome assembly 基于长读长的填缝 2.GapFiller: ...

GenomeStudy

2899 4 9

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那个下载MUMmer4的时候 操作到 cd mummer之后就不会操作了怎么办？还有就是gunplot没有办法使用conda 安装，报错显示找不到安装包，希望博主帮忙解答一下谢谢。

quarTeT:Telomere-to-telomere Toolkit(一款多功能软件。)

功能 参考引导的基因组组装 1.AssemblyMapper: reference-guided genome assembly 基于长读长的填缝 2.GapFiller: ...

GenomeStudy

2899 4 9

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功能 参考引导的基因组组装 1.AssemblyMapper: reference-guided genome assembly 基于长读长的填缝 2.GapFiller: ...