为了督促自己啃书学习，毕竟有输入才能有输出。 R、SAS和Python的小白学习笔记。 （简书存在图片上传失败的问题，反馈给官方也没有给我解决问题，其他平台有相应完整文章。）
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单细胞表达矩阵格式转换
作者：ahworld链接：单细胞表达矩阵格式转换来源：微信公众号-seqyuan著作权归作者所有，任何形式的转载都请联系作者。 10x Genomics官方软件CellRan...
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Seurat包之导入单细胞数据方式汇总挖掘公共单细胞数据集时，会遇到常见各种单细胞测序数据格式。现总结如下，方便自己日后调用，以创建Seurat对象（1）barcodes.tsv.gz、features.tsv....
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生信星球小练习—批量读取10X数据刘小泽写于2020.8.13主要分为两个部分：前面用linux处理，后面用R处理 下载数据 选用的10X测试数据是：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/...
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Barcode file missing. Expecting barcodes.tsv.gz
常见错误： 说找不到Barcode文件，但明明存在Barcode： Error in Read10X() : Barcode file missing那很有可能是因为三个10...
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用Read10X函数时报错Error in Read10X(folder) : Barcode file missing. Expecting barcodes.tsv.gz
用Read10X函数时报错Error in Read10X(folder) : Barcode file missing. Expecting barcodes.tsv.g...
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TCGA数据库MAF文件的分析以及可视化（maftools包的使用）这两天“王院长”帮别人分析snv数据，顺便给我推荐了一个R包：maftools。我看了一下官网，感觉是个非常强大的R包。那必须要学习起来~实际上网上已经有很多教程了，但都是用...
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siRNA干扰实验流程
前言 在研究某基因的功能时，常常要用到某基因的过表达，或敲除，或敲低。 在敲除方面，常用的就是Crispir/Cas9技术，不过此技术周期比较长，步骤比较麻烦，就我们实验室而...
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努力成为R 极客<br>R和python爱好者<br>bioninfomatics
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「免疫」免疫评分与基质评分首先会给大家介绍肿瘤的微环境，肿瘤微环境是肿瘤细胞所处的细胞环境，其组成包括细胞外基质、可溶性分子和肿瘤基质细胞。肿瘤微环境一旦形成，众多面会议细胞，如T细胞、髓源抑制细胞、...
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初学SingleCellExperiment对象SingleCellExperiment是通过SingleCellExperiment包创建的单细胞数据分析对象，已有几十个单细胞R包支持。其衍生自SummarizedExp...
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ssGSEA 与CIBERSORT分析--肿瘤免疫浸润分析背景 GSEA、GSVA、ssGSEA和GO、KEGG富集分析之间的区别？ 从输入的表达矩阵入手1. GSEA的输入矩阵：差异表达分析后得到的矩阵！一列基因名/ENTREZ ...
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单细胞交响乐31-实战十四 10X HCA计划的38万骨髓细胞刘小泽写于2020.7.22为何取名叫“交响乐”？因为单细胞分析就像一个大乐团，需要各个流程的协同配合单细胞交响乐1-常用的数据结构SingleCellExperiment单...
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腾讯课堂app 离线视频格式破解——完结之前因为温习3dsmax，在腾讯课堂app上缓存了不少的视频，因为缓存在手机观看屏幕比较小，一直想把缓存的视频转移到PC上看，对于我这种信号时有时无的人来说，手机是最好的找信...
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上下调基因分别富集，也能一起画图双向富集分析图 1.需求 上下调基因分别富集分析，把结果放在一张图上: 2.示例数据和r包准备 模拟的是kegg的富集结果，编了一个数据。p是p值。画图的时候用-log10(...
