适用背景 在单细胞分析中，必要的一步是对每个细胞进行注释，这相当于给每个细胞打个标签，或者说起个别名，这些信息都存在@meta.data信息里，所以不用特意去更改细胞名字，S...
IP属地：广东
-
如何给Seurat对象的基因重命名？【基因名转换】2022-07-27
-
R语言可视化学习笔记之ggrepel包当我们在图形中添加标签时，标签之间很容易相互重叠，包ggrepel就专门用来解决这个问题！ 首先我们来看看通过geom_text()添加标签时的情形： 可以看到可视化效果不是...
-
R语言代码-Nature主刊中相关系系数热图绘制需求描述 计算多个基因和免疫浸润的相关性，画出类似于文章中这种热图，用颜色展示相关系数，用**标出显著的。 出自https://www.nature.com/articles...
-
感谢分享。2.4差异分析的第2行代码写错了，应该是Treat - CK
差异分析|使用limma包
获取本章节数据和代码：关注微信公众号：小杜的生信筆記（ID：Du_Bioinformatics），回复关键词：limma差异分析 ----------------------...
-
14.GO富集分析R语言代码及5种图的绘制一、举例回顾 本节使用GSE1009数据集，已经用limma包对数据集中的样本进行差异分析，现对差异基因(DEGs)做GO富集分析。 GSE1009数据集介绍： 样本量：共6...
-
宝藏R包tinyarray：常用图表一键收走最近抽空整理了以前写的函数，规范tinyarray包，反复检查和优化，调整了好久，终于得到下面的check结果 今天把他提交到CRAN了(是提交不是接收哈，没有那么快)整理了...
-
单细胞数据分析流程和验证实验1. 分析流程 Basic algorithmsExpression quantification and quality controlNormalization (CP...
-
单细胞学习之细胞周期分析一、细胞周期鉴定 https://teachmephysiology.com/biochemistry/cell-growth-death/cell-cycle/[https...
-
小鼠全脑单细胞数据细胞类型鉴定最近在处理小鼠全脑的单细胞数据，归纳总结下细胞类型鉴定的过程吧。我用的算法是Seurat label transfer function[https://satijalab....
-
单细胞分析实录(14): 细胞类型注释的另一种思路 — CellID
之前写过一篇细胞类型注释的推文：单细胞分析实录(7): 差异表达分析/细胞类型注释[https://www.jianshu.com/p/1887dbd8d9e4]，里面介绍了...
-
小弟读过两年书，尘世中一个迷途小书僮<br><br>欢迎访问: <a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fthereallda.github.io%2F" target="_blank">https://thereallda.github.io/</a>
-
bowtie2使用记录
解压缩后文件情况： 合并文件cat *.fa > mm10.fa使用bowtie2 built建立索引：bowtie2-build mm10.fa mm10索引文件格式如下：...
-
-
让我看看谁还不会用deeptools可视化(bcpp)
一、deeptools安装 见我写的第一篇文章《Conda 安装软件万能链接》：Conda安装软件万能链接[https://www.jianshu.com/p/70bd0e7...
