选择单峰模型还是线性模型？
发简信
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Count分析基因Gain/Loss/Duplication文献标题：Count: evolutionary analysis of phylogenetic profiles with parsimony and likelihoo...
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OrthoFinder寻找同源基因并建树提到寻找物种之间的同源基因，大家一般想到的是OrthoMCL (http://orthomcl.org/orthomcl/） ，OrthoMCL是现在用的最多的一款来找直系同...
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MrBayes构建贝叶斯树
1.前期准备 构建贝叶斯树需要用到的软件有phylosuite(序列准备)、iqtree2(最适模型查找)、mrbayes(构建贝叶斯树)。 2.phylosuite准备序列...
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R-热图-pheatmappheatmap是绘制热图的经典R包。其中一些细节参数设置，之前每次遇到都是网上搜索。这次系统整理下常用用法，为以后绘图提供方便。 0、示例数据与R包加载 （1）模拟示例数据...
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群体遗传学-选择清除分析一、中性学说 分子水平上，生物的演化或物种的进化并不是自然选择引起的，而是由中性/近中性的突变等位基因经过遗传漂变引起的，从而形成分子水平上的进化性变化或种内变异。分子演化的...
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扩增子分析——usearch+vsearch+qiime1
参考文章：1.https://www.jianshu.com/p/c72bb359f050[https://www.jianshu.com/p/c72bb359f050]2....
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宏基因组 - (1)基因预测与基因相对丰度的计算-3.仅作笔记使用 我所用到的所有脚本可以+Q 840842906索 简单介绍一下方向也可以，说不定以后能互相帮忙～ 注明来意，请实名 学校+名字 -2.两组样品，目的是通过...
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宏基因组 - (2)基于基因相对丰度计算α/β多样性-1.仅作笔记使用 我所用到的所有脚本可以+Q索要 请实名，名字+学校+方向 0. 首先需要获取基因的相对丰度表，这里可以略参考 宏基因组-(1)基因预测与基因相对丰度[ht...
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主成分分析-PCA图的优化（R语言）
R语言的主成分分析（PCA）详解和带聚类的PCA图绘制 最近有个老师在整理文章数据，由于分组较多，想展示PCA图，说明不同分组的差异，公司默认给出的PCA图比较朴素，想做的好...
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跟着Nature Metabolism学作图:R语言ggplot2热图和添加分组标记论文 Single-cell profiling of vascular endothelial cells reveals progressive organ-specif...
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ggplot2之颜色设置
该文章为个人为了复习总结的笔记，参考来源为： https://www.sohu.com/a/348752646_785442 https://www.jianshu.com/...
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序列比对工具 | BLAST、 BLAT、 diamond基本概念 相似性（similarity） 一种很直接的数量关系，比如部分相同或相似的百分比或其他一些合适的度量 如：A序列和B序列的相似性是80% 同源性（homology）...
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西澳大学生物信息博士一枚<br>研究方向: 植物泛基因组与群体基因组学的挖掘<br><br>简信不回答问题，有问题发至<br>lakeseafly50@gmail.com
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宏基因组分箱(Binning)技术导读 宏基因组分箱（Binning）是将宏基因组测序得到的混合了不同生物的序列或序列组装得到的contigs按物种分开归类的过程，类似下图[1]。传统的单物种全基因组序列都是...
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跟着PNAS学作图：R语言ggplot2作图展示多序列比对结果论文 The evidence remains clear: SARS-CoV-2 emerged via the wildlife trade https://www.pn...
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linux sort 命令整理
无论是工作中使用还是应付各种面试，linux sort 都是必须要掌握的 linux 基本命令之一。尤其是 linux sort -k 命令，经常会被搞晕，索性好好研究一下 ...
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基因BIN来源分析（一）cd-hit去冗余，salmon计算基因TPM
导读 humann中有一个模块可以进行基因物种来源分析，但是内部怎么分析的。如果能获得每个物种的基因序列文件，那么不用humann也能进行此分析。所以基因BIN来源分析很适合...
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RPKM、FPKM、TPM的区别简写 RPKM: Reads Per Kilobase of exon model per Million mapped reads (每千个碱基的转录每百万映射读取的rea...
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基因家族鉴定流程（二） 用blast、mmseqs、diamond、hmmer搜索同源蛋白本文章将介绍 ①类blast软件blast、mmseqs、diamond、hmmer的比较 ②blast、mmseqs、diamond、hmmer的使用 ③用四种软件的实践操...
