@大坏蛋HYB 好的，谢谢老师！
我的SNP calling和核心SNP(core SNP)聚类分析流程个人进行SNP分析用的软件是snippy[https://github.com/tseemann/snippy]，主要是可以一次批量完成。准备工作：1.待分析的序列文件（fa...
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利用泛基因组挖掘目标细菌的靶标基因-Roary,gbksplit和TBtools准备 1.基因组序列下载与注释，使用prokka进行注释，获得gff文件。参考我前一篇：autoprokka:使用prokka批量注释 - 简书 (jianshu.com)[...
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在写了（行数1，字数0）。
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然后输入文件（contig和完成图）比对到同一个参考基因组，生成snp树
我的SNP calling和核心SNP(core SNP)聚类分析流程
个人进行SNP分析用的软件是snippy[https://github.com/tseemann/snippy]，主要是可以一次批量完成。准备工作：1.待分析的序列文件（fa...
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您好，这个软件的输入文件可以是不同组装水平的fasta文件吗？比如说细菌完成图和草图（contig级别的）放到一块进行snp分析吗？
我的SNP calling和核心SNP(core SNP)聚类分析流程
个人进行SNP分析用的软件是snippy[https://github.com/tseemann/snippy]，主要是可以一次批量完成。准备工作：1.待分析的序列文件（fa...
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在写了（行数1，字数0）。
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您好，打扰了，请问一下细菌完成图理论上是不是也是属于这个软件所说的"组装文件"，可以将完成图和contigs放到一块用这个软件进行call snp吗？
Call细菌SNP用Snippy
从reads/contig中call细菌突变 Github: https://github.com/tseemann/snippy[https://github.com/ts...
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不做无条件咨询，见谅
