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Linux命令awk,sed使用
awk 命令使用记录 例1, 修改fasta序列ID 若后续只需要用到序列，不需要ID的信息，就可以把ID信息完全修改掉 例2：简化fasta序列名字 ID 修改前后对比 ...
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用Python提取FASTA中最长转录本在对拼装或者数据库下载的序列文件进行下一步分析时，我们通常会对序列进行去冗余操作，其中经常需要提取同一个‘gene’的最长转录本，所以动手用python写一个脚本。 一、基本...
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多物种无参Trinity组装 | awk样本列表
组装策略 适用于设计多样本多物种的组装。例如100个样本，10个物种。这里如果想直接完成10个de nove组装，需要将所有样本数据放到一起后，通过样本信息表声明每个样本的物...
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提取最长蛋白序列（转录本一样适用）
对于蛋白的fa文件，由于是每个转录本对应一个蛋白序列。由于后期注释需要以基因为单位，因此需要对fa文件进行处理，计算每一个转录本的蛋白序列长度，然后提取最长的蛋白序列，该序列...
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昆虫学博士，分享实验Protocol、生物信息、科研绘图、中国传统术数学等。
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利用TransDecoder提取转录本CDS、UTR序列
前言：在对miRNA进行靶标预测分析时，需要特定物种的转录本作为靶向的数据库。通常对miRNA预测以3'UTR区域为主，这就需要对转录本数据库进行UTR区域的提取。我在之前写...
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使用TBtools进行本地blast并根据blast结果提取相关序列TBtools 是一个集合了超多生信处理的小工具，非常方便，而且是无命令行的操作，入门门槛极低。开发者是华南农业大学陈程杰博士，TBtools文章地址：https://www...
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blast与blast+使用（参数、输出文件格式）
一、BLAST+（NCBI发布于2009年） 下载地址：https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATES...
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山东省花生研究所
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bedtools批量提取基因组指定位置序列
bedtools批量提取基因组指定位置序列 之前已经介绍过很多提取序列的方法，有脚本的也有软件的，这里再介绍一种方法。 用到软件是bedtools，具体方法如下： Optio...
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如何快速从转录组数据中筛选目标基因！
如何从海量高通量测序数据中筛选出目标数据？这是困扰大多数老师的一个难题！ 小编以一个excel的简单函数为例，演示一下如何从表格中快速筛选感兴趣的基因等信息。 函数的名称是V...
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华中农业大学博士研究生在读，专注于生物信息学领域。
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生物科研软件、科研软件使用资料、科研数据使用资料、科研数据分析！
