
请教,以scaffold等级的ref进行群体重测序分析时,call snp 及之前有哪些坑?这样的ref能用吗?谢谢!
【PCA】scaffold等级的群体重测序可能遇到的坑这阵子在做红树的群体重测序分析,一开始在PCA这个坎上遇到了一个网上普遍的教程都没有怎么提及的坑,加之下午有人发邮件给我,问了类似的问题,所以在这里写下这篇可能对大部分只有s...
本文是阅读一个做算法的文章,有些收获和想法,作为一种记录我们在使用gatk call snp的时候,常常使用HaplotypeCaller这个参数,这个参数的目的是检测出用来...
拼接的思路大体可以分为两种:一种叫做Overgap,一种是debrujin,前者是根据两条read序列前后部分的重叠来拼接,适用于一代测序的结果,而后者是将reads切割成更...
前几天,实验室的师弟师妹通过本地blast获取一些没有基因组注释物种的蛋白编码序列。原本以为可以快速地进行下一步的选择压力分析,没想到却在多序列比对这一环节出现了棘手的问题。...
这篇文章很长,超过1万字,是本系列中最重要的一篇,因为我并非只是在简单地告诉大家几条硬邦邦的操作命令。对于新手而言不建议碎片时间阅读,对于有一定经验的老手来说,相信依然可以有...