在RNA-seq或芯片数据下游分析中经常遇到需要将基因表达矩阵行名的ensembl_id ( gene_id ) 转换为gene symbol(...
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ensembl_id转换与gene symbol基因名去重复的两种方法 -
Counts FPKM RPKM TPM CPM 的转化
一、什么是RPKM、 FPKM、TPM、CPM RPKM, FPKM and TPM, clearly explained - StatQues...
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获取基因有效长度的N种方法在RNAseq的下游分析中，一般都会将上游处理完得到的原始counts数转变为FPKM/RPKM或是TPM来进行后续的展示或分析，其定义和计算公...
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WGCNA在文献中的解释
最近看了一个文章，里面有一段概述了WGCNA，分享给大家，希望对大家有所帮助 原文：Das S , Meher P K , Rai A , et...
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生信星球转录组培训第一期Day3——卖萌哥闲言碎语 从今天开始转录组学习进入正题啦。要重现的文章是 RNA-Seq Transcriptome Profiling Identifies ...
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生信星球转录组培训第一期Day2——卖萌哥
今天的主要任务是练习linux基础命令，然后结合实例练习一下三个重要的命令awk、sed、grep 基础命令： pwd 显示当前目录。print...
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2019-03-10 转录组分析 之教训 1从开始学习转录组分析，都是按照网上的教程别人的数据一步一步的跑，只要是严格按照教程上来，基本都不会出现错误。在整个过程中，也没有想太多，每一...
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用pheatmap画热图
假装是前言 学了很久的R，一直也没啥进展，之前一直觉得R不是很容易的东西吗，复制粘贴代码就好了。。emmm，太年轻太年轻。。 我用R的日常就是画...
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都8102年了，还用fastq-dump，快换fasterq-dump吧之前写过一篇文章Fastq-dump: 一个神奇的软件[https://www.jianshu.com/p/a8d70b66794c]， 详细介...
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GTF/GFF文件的差异及其相互转换我们在做生物分析的时候，经常会碰到GFF格式的文件以及GTF格式的注释文件。他们有着相似的名字，甚至连内容都极为相似~那么，他们究竟差在哪里呢？...
专题公告
唔。先mark一下，感谢各位大佬～
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