1. 宏病毒组简介 宏病毒组学 (ViralMetagenomics) ：是在宏基因组学理论的基础上，结合现有的病毒分子生物学检测技术而兴起的一个新的学科分支 ，是...
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宏病毒组组学知识分享（一）
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【现学现卖】CHEER与病毒宏基因组数据分析（1）
“文献阅读” CHEER: HierarCHical taxonomic classification for viral mEtagEnomic data via dee...
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用小饼图代替点图里的点0.起因 最近在群里看到一个图，棒棒糖图的点用饼图代替了。 然后又看到一个文章里，用饼图代替了富集分析的点图，妙啊~ 这个地球上有什么漂亮的图能躲过我的小胖手呢？画他！ 1....
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使用MetaboDiff包分析非靶向代谢组数据最近手里有个非靶向代谢组的数据，通过学习MetaboDiff包来熟悉代谢组分析的思路和流程，接下来的流程来自于MetaboDiff包官方帮助文档。 1. MetaboDiff...
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2021-06-10 酵母表达原理
来源：http://www.detaibio.com/topics/jiao-mu-biao-da-yuan-li.html 酵母蛋白表达系统 本文主要讲述了毕赤酵母蛋白表达...
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edgeR对表达量矩阵进行基因表达差异分析通过前期的基因定量，我们通过**RSEM**或者Kallisto这些工具得到了每个基因或者转录本的表达量矩阵。输出的矩阵包含了基因以及在各个样本中的表达量信息，这些信息将为我...
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OrthoFinder寻找同源基因并建树（1）一、OrthoFinder的安装 使用之前记得查看帮助文档: 二、OrthoFinder的使用OrthoFinder需要蛋白编码的Fasta（fa）文件作为输入，所以首先我们...
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MUMMER 两个基因组间比较MUMmer出现的历史背景测序技术刚开始发展的时候，大家得到的序列都是单个基因的长度，所以一般都是逐个基因的比较，用的都是BLAST或FASTA通过逐个基因联配的方式搜索数据...
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基因组相似性计算：ANI
在比较基因组分析中，我们经常需要分析不同基因组之间的进化关系，例如我们可以使用标记蛋白来构建系统发育树。为了进行定量的比较，我们还可以计算不同基因组之间的相似性或者进化距离，...
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从原始reads中获取ITS序列原始reads类型： -二代测序数据-转录组测序数据 1从原始reads中获取全长ITS序列 -（ 本文所提到ITS序列为：18s + ITS1 + 5.8s + ITS2 ...
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ITSx软件的安装（提取ITS序列）
该软件可以自动从序列中提取ITS1、ITS2、5.8S的序列并标注位置，下面是这款软件的安装与使用方法。第一步 拼接核糖体基因组 第二步 下载ITSx安装包 第三步 安装软件...
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基因家族分析（3）进化树构建及美化基因家族树构建最常用的方法是 NJ 法和 ML 方法，构建进化树之前，需要进行多序列比对。 多序列比对 多序列比对的作用是将核酸或者氨基酸序列对齐，使得相同残基的位点位于同一...
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iTOL进化树调图细节记录iTOL基本用法已经会了，之前记录过一点：系统发育（进化）树绘制小结[https://www.jianshu.com/p/20af7e003d19]。最近重用，调图时又发现了...
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Linux | parallel 并行1
参考资料：http://serverfault.com/questions/374131/how-to-run-multiple-shell-scripts-in-paral...
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「生信」基因组功能注释后的基因筛选目录写在前面功能注释数据库介绍方法一: 以KEGG的注释结果为主, 筛选出每个品种包含的特异通路及基因方法二: 利用pfam的注释结果, 过滤掉每个品种具有相同结构域的基因,...
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基因组组装和注释流程 from ChatGPT
【202301】Q:write a genome assembly and annotation pipeline for each step with bioinforma...
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无参物种背景基因GO注释
相似的基因在不同物种中，其功能往往是保守的。通过GO注释可获得跨物种的同源基因及其基因产物的功能描述。对于非模式生物或者无参考基因组的项目，经常需要进行背景基因的GO注释，以...
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滑窗统计基因组的一些特征值比如基因密度和GC含量1.划分窗口bedtools makewindows -g Chr.length -w 50000 > 50k.windows 2.计算每个滑窗内基因的数量 #同理可以...
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数据分析工具推荐 | bulkAnalyseR：用于分析和共享批量多组学数据的交互式工具包批量测序实验（单组学和多组学）对于探索广泛的生物学问题至关重要。为了促进交互式、探索性任务以及共享易于访问的信息，《Briefings in Bioinformatics》发...
