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单细胞转录组||matrix.mtx说明（cellranger与kallistobustools的不同之处）
1. matrix.mtx 做过10xGenomics单细胞转录组的人都知道cellranger的标准输出是三个文件（barcodes.tsv genes.tsv m...
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如何使用 Seurat 分析单细胞测序数据（ Q&A
1. 关于 QC Q：过滤线粒体基因是去除低质量 cell，核糖体基因用过滤吗？ A： Seurat 教程中没有提到用核糖体基因的 UMI 含量来过滤细胞，我看到的文献中基本...
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用ImageJ处理空间成像数据我们经常看到Visium 空间转录组报告中有图像数据，那么它是怎么得的呢？今天给大家演示一下用ImageJ来处理空间图像数据，尽管这只是ImageJ众多功能中的一个。 Ima...
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轨迹推断中的细胞周期轨迹推断，顾名思义是推断细胞分化状态的一种方法，然而现行的轨迹推断的方法都不能将周期纳入其中，但是总会有人这样想，然后实现了它。 真的还是有几分的周期的意思，那么它是如何做的...
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使用Seurat 中自带函数画图遇到的问题及解决办法1.FeaturePlot函数 FeaturePlot使用了split函数之后就没有legend了这个问题之前困扰了我很久 后来就下定决心解决一下 其实很简单就只是加个命令参...
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MSKCC Research Associate<br>别赶不上野心，又辜负了努力
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遗传学 博士研究生在读
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scRNAseq灵活的点图绘制：FlexDotPlot单细胞绘图系列： Seurat绘图函数总结[https://www.jianshu.com/p/95e61f7e834d] 使用ggplot2优化Seurat绘图[https...
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多个10x单细胞对象的合并和批次校正--seurat锚点整合+Harmony练习数据集的GEO编号：GSE139324 (Immune Landscape of Viral- and Carcinogen-Driven Head and Neck C...
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ggplot2中ylim的坑
在ggplot2中很容易出现一个修改坐标轴范围的问题，喜欢用ggplot2画图的需要注意一下。ylim和coord_cartesian都是调整坐标轴范围，但是它们的结果是有...
